daisybio / daisybio/preprocess_drp_data
Caution with BeatAML2
- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 3
- Fork
- 1
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
In the raw data, there is the column `normalized_viability`, which we treat as the response column. It ranges from 0 to 7703 (an outlier; the next value is 3743). In the original publication, the authors state the normalized viability is normalized to lie between 0 and 100. This is clearly not the case. However, there is also neither a positive nor a negative control, nor a raw response column, so there is really nothing we can do but normalize these values to lie between 0 and 1 with CurveCator.
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Direzione di ricerca
Inizia esaminando i dati grezzi di BeatAML2 e la colonna `normalized_viability` descritta nell’issue. Verifica l’affermazione sulla normalizzazione contenuta nella pubblicazione originale e il modo in cui CurveCator gestisce attualmente questi valori. Il lavoro è completato quando la decisione sul pre-processing è documentata o corretta, in modo che i valori di risposta siano normalizzati in modo coerente nonostante l’assenza dei controlli e della colonna di risposta grezza.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- jupyter-notebook
- Ambito
- data
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 42/100