daisybio / daisybio/preprocess_drp_data

Caution with BeatAML2

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Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
3
Fork
1
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

In the raw data, there is the column `normalized_viability`, which we treat as the response column. It ranges from 0 to 7703 (an outlier; the next value is 3743). In the original publication, the authors state the normalized viability is normalized to lie between 0 and 100. This is clearly not the case. However, there is also neither a positive nor a negative control, nor a raw response column, so there is really nothing we can do but normalize these values to lie between 0 and 1 with CurveCator.

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Direzione di ricerca

Inizia esaminando i dati grezzi di BeatAML2 e la colonna `normalized_viability` descritta nell’issue. Verifica l’affermazione sulla normalizzazione contenuta nella pubblicazione originale e il modo in cui CurveCator gestisce attualmente questi valori. Il lavoro è completato quando la decisione sul pre-processing è documentata o corretta, in modo che i valori di risposta siano normalizzati in modo coerente nonostante l’assenza dei controlli e della colonna di risposta grezza.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
jupyter-notebook
Ambito
data
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
42/100

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