const-ae / const-ae/sparseMatrixStats
colVars for dgeMatrix
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 55
- Fork
- 3
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
I am working with large sparse matrices that, after some operations, can return non-sparse matrices of class `dgeMatrix`.
I must be missing something here, but when I try to get colVars for a `dgeMatrix`, I get
```
Error in MatrixGenerics:::.load_next_suggested_package_to_search(x) :
Failed to find a colVars() method for dgeMatrix objects.
```
even though `colMeans2` works just fine.
Here is some (hopefully) reproducible code:
```
m <- Matrix(nrow = 3, ncol = 6, data = rnorm(18), sparse = FALSE)
sparseMatrixStats::colVars(m)
```
PS: `matrixStats::colVars(m)` returns
```
Error in matrixStats::colVars(m) :
Argument 'x' must be a matrix or a vector.
```
and calling `as.matrix` prior to `matrixStats::colVars` is very slow on larger matrices.
Any help would be much appreciated.
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách tái hiện ví dụ với sparseMatrixStats::colVars() trên một dgeMatrix, sau đó lần theo cơ chế dispatch của colVars song song với đường dẫn đang hoạt động của colMeans2. Vấn đề được giải quyết khi colVars hoạt động với các đầu vào dgeMatrix mà không chuyển đổi các ma trận lớn bằng as.matrix().
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- data
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 42/100