const-ae / const-ae/sparseMatrixStats

colVars for dgeMatrix

Đang mở
#24 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
R
Star
55
Fork
3
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

I am working with large sparse matrices that, after some operations, can return non-sparse matrices of class `dgeMatrix`.

I must be missing something here, but when I try to get colVars for a `dgeMatrix`, I get

```
Error in MatrixGenerics:::.load_next_suggested_package_to_search(x) :
Failed to find a colVars() method for dgeMatrix objects.
```

even though `colMeans2` works just fine.

Here is some (hopefully) reproducible code:

```
m <- Matrix(nrow = 3, ncol = 6, data = rnorm(18), sparse = FALSE)
sparseMatrixStats::colVars(m)
```

PS: `matrixStats::colVars(m)` returns

```
Error in matrixStats::colVars(m) :
Argument 'x' must be a matrix or a vector.
```

and calling `as.matrix` prior to `matrixStats::colVars` is very slow on larger matrices.

Any help would be much appreciated.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái hiện ví dụ với sparseMatrixStats::colVars() trên một dgeMatrix, sau đó lần theo cơ chế dispatch của colVars song song với đường dẫn đang hoạt động của colMeans2. Vấn đề được giải quyết khi colVars hoạt động với các đầu vào dgeMatrix mà không chuyển đổi các ma trận lớn bằng as.matrix().

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
r
Lĩnh vực
data
Loại issue
Lỗi
Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
42/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.