ide-python not fully functional with v1.0.0

Hi! I've discovered that with version v1.0.0, although the linter and isort plugin is working fine, the jedi tip and hyperclick is not working.

This is my current procedure:

1. Use pyenv to create a virtualenv
2. Use pip or poetry to install python-language-server with the [all] option
3. activate the venv so that "which python" links to the venv one
4. Start atom from the terminal with the above python pointing to the venv one.
5. Start a script and finds out that only basic functioning like linter, outline and find reference is working. On the other hand, jedi tips and hyperclick is not working correctly.

**Detail on point 5:**

I've found that the with built-in module like os or time, only the jedi hover is working. The pip installed one such as numpy or pandas show no jedi hover.

And all modules imported can't be hyperclicked.

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Is there anything I can do to help test this?

報告されている pyenv virtualenv と python-language-server [all] のセットアップを使って問題を再現し、組み込みモジュールと、インストールされている numpy または pandas モジュールでの Jedi のホバー動作を比較します。インポートに対する hyperclick の動作も確認します。インストールされているモジュールで Jedi のヒントが機能し、インポートされたモジュールを hyperclick できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。