aolabNeuro/analyze

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Code for specific analysis computations on processed data (e.g. spectral coherence)

Sterne: 7
Forks: 0
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 85
Ø Merge: 22 Std. 29 Min.
Gemergte PRs (30 T.): 2

Vorherrschende Sprache: Python
Lizenz: MIT
Letzter GitHub-Push: 19.8.2026
Zuletzt indexiert: 13.9.2026
Beitragsleitfaden: Kein Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: good first issue

Offen Alle

Bisher 85 offene Issues indexiert

optitrack metadata breaks when there are commas in any of the keys or values Offen

bug

aolabNeuro/analyze#45 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
transfer old code Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#49 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
no task in certain bmi3d experiments Offen

bug

aolabNeuro/analyze#59 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
add voltsperbit and channel ids to ecube metadata Offen

enhancement high priority

aolabNeuro/analyze#60 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
add tight layout before/during savefig Offen

question

aolabNeuro/analyze#63 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
make a function to get default colors for a given number of items (channels, units maybe) Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#67 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
add kalman filter code Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#86 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
add functions to get specific analog or digital data given a block number Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#115 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
function to center color limits on zero Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#118 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Link functions to their usage in example .ipynb notebooks Offen

documentation enhancement

aolabNeuro/analyze#139 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
add kalman filter example jupyter notebook Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#144 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
problems with postproc.get_trial_targets() Offen

invalid

aolabNeuro/analyze#165 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
visualize 3D target positions and trajectories Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#166 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Errors in test_visualization animation functions Offen

aolabNeuro/analyze#172 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
save_hdf does not announce unsaved variables failing dtype checks Offen

bug high priority

aolabNeuro/analyze#177 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add conversion from timestamps to timeseries to preproc.prepare_bmi3d Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#186 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
add saving the xml data including voltsperbit to `aopy.utils.save_test_signal_ecube()` Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#192 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
include paramter for which ecube headstage to load Offen

question

aolabNeuro/analyze#193 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
add an option to load ecube data in volts by multiplying out the voltageperbits Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#194 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
some ecube data loading functions don't have a separate data_dir Offen

invalid

aolabNeuro/analyze#195 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
make an example notebooks showing how to call animations Offen

aolabNeuro/analyze#197 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
exp_data['clock']['timestamp'] has repeated clock values Offen

documentation invalid

aolabNeuro/analyze#198 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add units to BMI3D metadata Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#200 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
list aopy to pip repos/conflicting pip package name aopy Offen

aolabNeuro/analyze#204 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
butterworth filter function only works with bandpass Offen

bug high priority

aolabNeuro/analyze#208 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
map_data2elec only works for 2 dim data Offen

enhancement good first issue

aolabNeuro/analyze#211 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
convert_analog_to_digital() bug? Offen

bug

aolabNeuro/analyze#229 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
get_trial_segments() generating nans? Offen

documentation

aolabNeuro/analyze#234 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
load_hdf_group incompatible with hdf datasets Offen

bug

aolabNeuro/analyze#254 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
visualization.plot_tuning_curves error if ax is not none Offen

bug

aolabNeuro/analyze#262 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
add correlation calculations Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#269 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
change inputs to multitaper_lfp_bandpower() Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#270 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
timestamps2trials Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#271 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
electrode position filtering Offen

enhancement high priority

aolabNeuro/analyze#272 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
coherence calculations Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#274 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
documentation images should be auto-generated Offen

documentation invalid

aolabNeuro/analyze#286 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
make a function to get cursor bounds for a given experiment Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#287 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
edge artifacts in lfp filtering Offen

invalid preprocessing

aolabNeuro/analyze#291 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
metadata load error in `.data.load_ecube_digital` Offen

aolabNeuro/analyze#293 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
documentation cleanup Offen

documentation

aolabNeuro/analyze#296 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
calc_max_erp() should use nanmean() instead of mean() to average across trials Offen

bug high priority

aolabNeuro/analyze#299 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
reorganize modules and add submodules Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#309 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
channel mapping grid pos Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#341 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
precondition.downsample() Offen

enhancement preprocessing

aolabNeuro/analyze#364 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
analysis.fit_linear_regression doesn't work with 1d arrays Offen

bug

aolabNeuro/analyze#377 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
trial_align_times returns different number of data points at each trial Offen

aolabNeuro/analyze#379 · 5 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
cryptic error message for plot_tfr Offen

documentation

aolabNeuro/analyze#383 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
get_next_filename Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#396 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
get_implant_date() Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#397 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
load bmi3d center_out task codes function Offen

enhancement

aolabNeuro/analyze#412 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026

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