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Fix (+suggestions) to instantiation of LocalNet in 3D registration tutorial

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bug enhancement
Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
2.5k
Fork
803
Merge medio
6g 22h
PR unite (30g)
3

Descrizione

The LocalNet in the 3D registration tutorial is currently instantiated as:

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=32,
    extract_levels=[3],
    out_activation=None,
    out_kernel_initializer="zeros",
).to(device)

However, the number of extraction levels should be set as extract_levels=[3, 2, 1, 0] in order for the average over feauture maps to be takes over all possible resolutions. With extract_levels=[3] the average is only taken over the coarsest (deepest) feature map, meaning a very coarse displacement field is predicted by the network, impacting performance negatively.

I would further recommend that out_kernel_initializer is set to "kaiming_uniform", as this is the default value in the LocalNet constructor (not "zeros"), and we have seen instabilities during training when using "zeros". An additional proposal would be to use an additional layer in the network, and adjust num_channel_initial, accordingly.

All in all, the instantiation would become:

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=16,
    extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
    out_activation=None,
    out_kernel_initializer="kaiming_uniform",
).to(device)

Or simplified (using defaults):

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=16,
    extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
).to(device)

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Apri 3d_registration/paired_lung_ct.ipynb e individua l’istanza di LocalNet. Esamina il comportamento del file regunet_block.py collegato, stabilisci se usare la configurazione proposta o valori predefiniti semplificati, quindi aggiorna il notebook ed esegui le celle pertinenti del tutorial per confermare che venga eseguito con i parametri concordati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
jupyter-notebook, python, pytorch
Ambito
documentation, machine-learning
Tipo di issue
Documentazione
Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
50/100

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