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Fix (+suggestions) to instantiation of LocalNet in 3D registration tutorial
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- Jupyter Notebook
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- 6g 22h
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Descrizione
The LocalNet in the 3D registration tutorial is currently instantiated as:
model = LocalNet(
spatial_dims=3,
in_channels=2,
out_channels=3,
num_channel_initial=32,
extract_levels=[3],
out_activation=None,
out_kernel_initializer="zeros",
).to(device)
However, the number of extraction levels should be set as extract_levels=[3, 2, 1, 0] in order for the average over feauture maps to be takes over all possible resolutions. With extract_levels=[3] the average is only taken over the coarsest (deepest) feature map, meaning a very coarse displacement field is predicted by the network, impacting performance negatively.
I would further recommend that out_kernel_initializer is set to "kaiming_uniform", as this is the default value in the LocalNet constructor (not "zeros"), and we have seen instabilities during training when using "zeros". An additional proposal would be to use an additional layer in the network, and adjust num_channel_initial, accordingly.
All in all, the instantiation would become:
model = LocalNet(
spatial_dims=3,
in_channels=2,
out_channels=3,
num_channel_initial=16,
extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
out_activation=None,
out_kernel_initializer="kaiming_uniform",
).to(device)
Or simplified (using defaults):
model = LocalNet(
spatial_dims=3,
in_channels=2,
out_channels=3,
num_channel_initial=16,
extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
).to(device)
Guida per i contributori
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Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Apri 3d_registration/paired_lung_ct.ipynb e individua l’istanza di LocalNet. Esamina il comportamento del file regunet_block.py collegato, stabilisci se usare la configurazione proposta o valori predefiniti semplificati, quindi aggiorna il notebook ed esegui le celle pertinenti del tutorial per confermare che venga eseguito con i parametri concordati.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- jupyter-notebook, python, pytorch
- Ambito
- documentation, machine-learning
- Tipo di issue
- Documentazione
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 50/100