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Fix (+suggestions) to instantiation of LocalNet in 3D registration tutorial

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Jupyter Notebook
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Beschreibung

The LocalNet in the 3D registration tutorial is currently instantiated as:

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=32,
    extract_levels=[3],
    out_activation=None,
    out_kernel_initializer="zeros",
).to(device)

However, the number of extraction levels should be set as extract_levels=[3, 2, 1, 0] in order for the average over feauture maps to be takes over all possible resolutions. With extract_levels=[3] the average is only taken over the coarsest (deepest) feature map, meaning a very coarse displacement field is predicted by the network, impacting performance negatively.

I would further recommend that out_kernel_initializer is set to "kaiming_uniform", as this is the default value in the LocalNet constructor (not "zeros"), and we have seen instabilities during training when using "zeros". An additional proposal would be to use an additional layer in the network, and adjust num_channel_initial, accordingly.

All in all, the instantiation would become:

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=16,
    extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
    out_activation=None,
    out_kernel_initializer="kaiming_uniform",
).to(device)

Or simplified (using defaults):

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=16,
    extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
).to(device)

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Öffne 3d_registration/paired_lung_ct.ipynb und lokalisiere die LocalNet-Instanziierung. Überprüfe das Verhalten der verknüpften regunet_block.py, kläre, ob die vorgeschlagene Konfiguration oder vereinfachte Standardwerte verwendet werden sollen, aktualisiere anschließend das Notebook und führe die relevanten Tutorial-Zellen aus, um zu bestätigen, dass es mit den vereinbarten Parametern ausgeführt wird.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
jupyter-notebook, python, pytorch
Bereich
documentation, machine-learning
Issue-Typ
Dokumentation
Schwierigkeit
2/5
Geschätzter Aufwand
1-3 Stunden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
50/100

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