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Fix (+suggestions) to instantiation of LocalNet in 3D registration tutorial

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bug enhancement
Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
2.5k
Forks
803
Merge medio
6 d 22 h
PR fusionados (30 d)
3

Descripción

The LocalNet in the 3D registration tutorial is currently instantiated as:

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=32,
    extract_levels=[3],
    out_activation=None,
    out_kernel_initializer="zeros",
).to(device)

However, the number of extraction levels should be set as extract_levels=[3, 2, 1, 0] in order for the average over feauture maps to be takes over all possible resolutions. With extract_levels=[3] the average is only taken over the coarsest (deepest) feature map, meaning a very coarse displacement field is predicted by the network, impacting performance negatively.

I would further recommend that out_kernel_initializer is set to "kaiming_uniform", as this is the default value in the LocalNet constructor (not "zeros"), and we have seen instabilities during training when using "zeros". An additional proposal would be to use an additional layer in the network, and adjust num_channel_initial, accordingly.

All in all, the instantiation would become:

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=16,
    extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
    out_activation=None,
    out_kernel_initializer="kaiming_uniform",
).to(device)

Or simplified (using defaults):

model = LocalNet(
    spatial_dims=3,
    in_channels=2,
    out_channels=3,
    num_channel_initial=16,
    extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
).to(device)

Guía de contribución

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Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Abre 3d_registration/paired_lung_ct.ipynb y localiza la instanciación de LocalNet. Revisa el comportamiento del archivo regunet_block.py enlazado, determina si se debe usar la configuración propuesta o valores predeterminados simplificados, actualiza después el notebook y ejecuta las celdas relevantes del tutorial para confirmar que se ejecuta con los parámetros acordados.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
jupyter-notebook, python, pytorch
Área
documentation, machine-learning
Tipo de issue
Documentación
Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bastante claro
Aptitud para principiantes
50/100

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