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Fix (+suggestions) to instantiation of LocalNet in 3D registration tutorial
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- Jupyter Notebook
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Descripción
The LocalNet in the 3D registration tutorial is currently instantiated as:
model = LocalNet(
spatial_dims=3,
in_channels=2,
out_channels=3,
num_channel_initial=32,
extract_levels=[3],
out_activation=None,
out_kernel_initializer="zeros",
).to(device)
However, the number of extraction levels should be set as extract_levels=[3, 2, 1, 0] in order for the average over feauture maps to be takes over all possible resolutions. With extract_levels=[3] the average is only taken over the coarsest (deepest) feature map, meaning a very coarse displacement field is predicted by the network, impacting performance negatively.
I would further recommend that out_kernel_initializer is set to "kaiming_uniform", as this is the default value in the LocalNet constructor (not "zeros"), and we have seen instabilities during training when using "zeros". An additional proposal would be to use an additional layer in the network, and adjust num_channel_initial, accordingly.
All in all, the instantiation would become:
model = LocalNet(
spatial_dims=3,
in_channels=2,
out_channels=3,
num_channel_initial=16,
extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
out_activation=None,
out_kernel_initializer="kaiming_uniform",
).to(device)
Or simplified (using defaults):
model = LocalNet(
spatial_dims=3,
in_channels=2,
out_channels=3,
num_channel_initial=16,
extract_levels=[4, 3, 2, 1, 0],
).to(device)
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Abre 3d_registration/paired_lung_ct.ipynb y localiza la instanciación de LocalNet. Revisa el comportamiento del archivo regunet_block.py enlazado, determina si se debe usar la configuración propuesta o valores predeterminados simplificados, actualiza después el notebook y ejecuta las celdas relevantes del tutorial para confirmar que se ejecuta con los parámetros acordados.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- jupyter-notebook, python, pytorch
- Área
- documentation, machine-learning
- Tipo de issue
- Documentación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 50/100