PEtab-dev/libpetab-python

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Python package for working with PEtab files

Estrellas: 18
Forks: 9
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 43

Lenguaje dominante: Python
Licencia: MIT
Último push a GitHub: 7/9/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Para principiantes Todo

Abierto Todos

43 issues abiertos indexados

Improve model abstractions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#518 · Abierto el 7/9/2026
Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case) Abierto

validation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 comentario · Abierto el 26/6/2026
Support for discrete noise distributions Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#466 · Abierto el 3/12/2025
Add CLI for petab v1->v2 conversion Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#453 · Abierto el 29/10/2025
Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#439 · Abierto el 19/9/2025
API for renaming PEtab entities Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#438 · Abierto el 19/9/2025
Remove `v2.Problem.*_df` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#409 · Abierto el 21/7/2025
v2: Visualization functions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#398 · Abierto el 2/7/2025
Document release process Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#396 · Abierto el 2/7/2025
v2: Handle multi-model problems Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#392 · 2 comentarios · Abierto el 5/6/2025
v2: Update validator Abierto

validation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#369 · Abierto el 28/3/2025
antlr runtime version Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

PEtab-dev/libpetab-python#344 · 4 comentarios · Abierto el 18/12/2024
`flatten_timepoint_specific_output_overrides` should not do anything if there are no timepoint-specific output parameters Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#314 · Abierto el 17/10/2024
Add functionality for computing posteriors Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#312 · 2 reacciones · Abierto el 15/10/2024
Refactor priors Abierto

enhancement

PEtab-dev/libpetab-python#311 · 2 reacciones · 1 asignado · Abierto el 15/10/2024
Feature to automate handling of replicate data Abierto

PEtab-dev/libpetab-python#310 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 8/10/2024
PEtab Simulator update_parameters Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#305 · 2 reacciones · Abierto el 15/8/2024
Replace individual dataframe arguments by Problem objects Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#301 · 1 reacción · Abierto el 2/7/2024
v2 validation: atomize checks Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#289 · 1 reacción · Abierto el 29/6/2024
Integration of extensions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#273 · 2 comentarios · Abierto el 25/6/2024
composite problem Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#265 · 4 comentarios · Abierto el 2/6/2024
Wrong plot_goodness_of_fit if different order of rows in measurement_df and simulation_df Abierto

bug visualization

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#247 · 1 comentario · 2 reacciones · Abierto el 27/2/2024
Validator does not check for required column `noiseFormula` in observables table Abierto

validation

PEtab-dev/libpetab-python#219 · 1 asignado · Abierto el 25/7/2023
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

PEtab-dev/libpetab-python#218 · Abierto el 25/7/2023
Improve error handling in Problem.from_yaml - format_version Abierto

validation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#217 · Abierto el 25/7/2023
petab.get_model_for_condition may remove rateRules where it shouldn't Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#197 · Abierto el 17/4/2023
Validator: Add option to warn about unused / non-standard columns Abierto

enhancement validation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#128 · Abierto el 22/4/2022
Python API for linter Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#35 · 2 comentarios · Abierto el 16/2/2021
False positive invalid condition ID. Abierto

PEtab-dev/libpetab-python#366 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 20/10/2020
single objectivePriorParameters are cast to numpy.float64 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#27 · 7 comentarios · Abierto el 27/8/2020
writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#26 · 11 comentarios · Abierto el 24/8/2020
Should unspecified optional strings be the empty string or NaN? Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#25 · 4 comentarios · Abierto el 18/6/2020
Visualization of measurements without condition table and visualization table Abierto

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#22 · 1 asignado · Abierto el 13/5/2020
Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically Abierto

visualization

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#21 · 2 comentarios · Abierto el 21/4/2020
consistent coloring of legend entries across plots Abierto

visualization

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#18 · 1 comentario · Abierto el 21/2/2020
xOffset for logscale xValues Abierto

question visualization

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#17 · 1 comentario · Abierto el 21/2/2020
BarPlots ignore xValues Abierto

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#16 · 6 comentarios · 2 asignados · Abierto el 21/2/2020
Parallelize plotting for large amounts of subplots (saved to files) Abierto

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#11 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 24/1/2020
Implement validation CompositeProblem Abierto

validation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#9 · Abierto el 16/12/2019
Add function to create joint parameter table from multiple models and measurement files Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#5 · 1 comentario · Abierto el 16/12/2019
Add: Allow plotting by observableID & simCondID at the same time Abierto

visualization

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#4 · Abierto el 30/9/2019
add: plotting STD if the column noiseParameter has values and no replicates available Abierto

visualization

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#3 · 1 comentario · Abierto el 20/8/2019
add case in visualization routine: in measurementData file, if same simulationConditionId, but differing preequilibrationId etc. Abierto

visualization

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#2 · Abierto el 5/7/2019

PEtab-dev/libpetab-python

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