ann2rr returns ghost beats
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- Vorherrschende Sprache
- Jupyter Notebook
- Sterne
- 853
- Forks
- 322
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Beschreibung
Hi,
If the input file, say `atr', contains additional labels, such as (N and (AFIB, ann2rr returns surplus rr intervals at the location of these labels.
Details:
In ann2rr in hr.py the rr intervals are calculated:
rr_interval = calc_rr(ann.sample, fs=ann.fs)
ann.sample contains the beat locations + the annotation location. Hence, ann2rr splits the rr interval which spans over each annotation location into two. This changes the heart rhythm at critical points. For example, at the beginning and end of atrial fibrillation, i.e. at (AFIB and (N.
Beitragsleitfaden
Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne in hr.py bei ann2rr, wo rr_interval mit calc_rr(ann.sample, fs=ann.fs) berechnet wird. Reproduziere das Verhalten mit Annotationen, die Labels wie (N und (AFIB enthalten, und überprüfe anschließend, dass zusätzliche Annotation-Positionen keine überschüssigen Intervalle mehr erzeugen oder den Rhythmus an diesen Punkten verändern.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- python
- Bereich
- bioinformatics
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 3/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-2 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Anfängerfreundlichkeit
- 45/100