One malformed signal in mimic3 matched?
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Jupyter Notebook
- Star
- 853
- Fork
- 322
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
Hi,
I've been using wfdb-python to parse numerics from the mimic3 waveforms database at large. I've found just one file that appears to be unreadable by wfdb, from patient p086831. Here's a minimum example (pulling from the online database):
import wfdb
rec_id = "p086831-2130-12-29-18-28n"
# rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)
ValueError Traceback (most recent call last)
Cell In[6], line 6
4 # rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
5 rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
----> 6 rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)
...
File .../venv/lib/python3.11/site-packages/wfdb/io/_signal.py:2051, in _check_sig_dims(sig, read_len, n_sig, samps_per_frame)
2049 for ch in range(n_sig):
2050 if len(sig[ch]) != samps_per_frame[ch] * read_len:
-> 2051 raise ValueError("Samples were not loaded correctly")
ValueError: Samples were not loaded correctly
This also occurs when pulling the respective .hea and .dat files locally and using wfdb from there.
Perhaps this is an issue with the MIMIC file itself, but I wanted to start here, since I'm not sure how to tell. Might this be a MIMIC bug, or is this a wfdb issue?
Thanks in advance--
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách tái hiện ví dụ với wfdb.rdrecord cho p086831-2130-12-29-18-28n, cả từ cơ sở dữ liệu trực tuyến lẫn từ các tệp .hea và .dat cục bộ. Kiểm tra wfdb/io/_signal.py xung quanh _check_sig_dims và so sánh các kích thước mẫu được khai báo với dữ liệu đã tải. Được xem là hoàn thành khi xác định được sự không khớp bắt nguồn từ wfdb hay tệp MIMIC và ghi lại bằng chứng.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- data
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100