One malformed signal in mimic3 matched?
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Descrizione
Hi,
I've been using wfdb-python to parse numerics from the mimic3 waveforms database at large. I've found just one file that appears to be unreadable by wfdb, from patient p086831. Here's a minimum example (pulling from the online database):
import wfdb
rec_id = "p086831-2130-12-29-18-28n"
# rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)
ValueError Traceback (most recent call last)
Cell In[6], line 6
4 # rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
5 rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
----> 6 rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)
...
File .../venv/lib/python3.11/site-packages/wfdb/io/_signal.py:2051, in _check_sig_dims(sig, read_len, n_sig, samps_per_frame)
2049 for ch in range(n_sig):
2050 if len(sig[ch]) != samps_per_frame[ch] * read_len:
-> 2051 raise ValueError("Samples were not loaded correctly")
ValueError: Samples were not loaded correctly
This also occurs when pulling the respective .hea and .dat files locally and using wfdb from there.
Perhaps this is an issue with the MIMIC file itself, but I wanted to start here, since I'm not sure how to tell. Might this be a MIMIC bug, or is this a wfdb issue?
Thanks in advance--
Guida per i contributori
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Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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Direzione di ricerca
Inizia riproducendo l’esempio con wfdb.rdrecord per p086831-2130-12-29-18-28n, sia dal database online sia dai file .hea e .dat locali. Esamina wfdb/io/_signal.py intorno a _check_sig_dims e confronta le dimensioni dei campioni dichiarate con i dati caricati. Il lavoro è completato quando si determina se la discrepanza ha origine in wfdb o nel file MIMIC e si registrano le evidenze.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- data
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 35/100