MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Enhancement: allow iterating signals in chunks of dataframes

Đang mở
#436 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
853
Fork
322
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

I'm using the new to_dataframe() function that was implemented in https://github.com/MIT-LCP/wfdb-python/pull/380

One issue that I'm seeing is that when loading some of the waveform signals from https://physionet.org/content/mimic3wdb-matched/1.0/ using to_dataframe() it eats up a lot of memory. Specifically, on the machine I'm running on which has 96gb of memory, reading the record and calling to_dataframe runs out of memory.

I would like to lazy load the signal data into a chunked dataframe which would allow me to process the waveform signals in parts that could fit into memory, rather than loading it all into memory.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với phần triển khai to_dataframe() được giới thiệu trong pull request 380 và xem xét cách phần này hiện tải các tín hiệu dạng sóng. Xác định một phương pháp xử lý dataframe theo kiểu lazy và theo từng chunk, tránh tải toàn bộ tín hiệu vào bộ nhớ; được xem là hoàn thành khi các bản ghi lớn như những bản ghi từ MIMIC-III có thể được xử lý thành các phần vừa với bộ nhớ.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
data
Loại issue
Tính năng
Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
30/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.