MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Enhancement: allow iterating signals in chunks of dataframes

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Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
853
Fork
322
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

I'm using the new to_dataframe() function that was implemented in https://github.com/MIT-LCP/wfdb-python/pull/380

One issue that I'm seeing is that when loading some of the waveform signals from https://physionet.org/content/mimic3wdb-matched/1.0/ using to_dataframe() it eats up a lot of memory. Specifically, on the machine I'm running on which has 96gb of memory, reading the record and calling to_dataframe runs out of memory.

I would like to lazy load the signal data into a chunked dataframe which would allow me to process the waveform signals in parts that could fit into memory, rather than loading it all into memory.

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia dall’implementazione di to_dataframe() introdotta nella pull request 380 e verifica come carica attualmente i segnali di forma d’onda. Definisci un approccio per l’elaborazione lazy e a blocchi dei dataframe che eviti di caricare l’intero segnale in memoria; il lavoro è completo quando record di grandi dimensioni, come quelli di MIMIC-III, possono essere elaborati in parti delle dimensioni della memoria disponibile.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python
Ambito
data
Tipo di issue
Funzionalità
Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
30/100

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