MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

The `dl_files` function is giving an error

Đang mở
#306 4 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
853
Fork
322
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

The wfdb.io.dl_files function is working in older version of python (v3.6) but is failing with the following error in a newer version (3.9.5):

Downloading files...
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/spawn.py", line 125, in _main
    prepare(preparation_data)
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/spawn.py", line 236, in prepare
    _fixup_main_from_path(data['init_main_from_path'])
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/spawn.py", line 287, in _fixup_main_from_path
    main_content = runpy.run_path(main_path,
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/runpy.py", line 268, in run_path
    return _run_module_code(code, init_globals, run_name,
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/runpy.py", line 97, in _run_module_code
    _run_code(code, mod_globals, init_globals,
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/runpy.py", line 87, in _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/temp_credentialed_download.py", line 5, in <module>
    wfdb.io.dl_files('mitdb','/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/files',['115.dat'])
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/site-packages/wfdb/io/download.py", line 531, in dl_files
    pool = multiprocessing.Pool(processes=2)
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/context.py", line 119, in Pool
    return Pool(processes, initializer, initargs, maxtasksperchild,
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/pool.py", line 212, in __init__
    self._repopulate_pool()
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/pool.py", line 303, in _repopulate_pool
    return self._repopulate_pool_static(self._ctx, self.Process,
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/pool.py", line 326, in _repopulate_pool_static
    w.start()
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/process.py", line 121, in start
    self._popen = self._Popen(self)
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/context.py", line 284, in _Popen
    return Popen(process_obj)
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/popen_spawn_posix.py", line 32, in __init__
    super().__init__(process_obj)
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/popen_fork.py", line 19, in __init__
    self._launch(process_obj)
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/popen_spawn_posix.py", line 42, in _launch
    prep_data = spawn.get_preparation_data(process_obj._name)
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/spawn.py", line 154, in get_preparation_data
    _check_not_importing_main()
  File "/Users/briangow/Documents/MIT/physionet/physionet-build/env/lib/python3.9/multiprocessing/spawn.py", line 134, in _check_not_importing_main
    raise RuntimeError('''
RuntimeError: 
        An attempt has been made to start a new process before the
        current process has finished its bootstrapping phase.
        This probably means that you are not using fork to start your
        child processes and you have forgotten to use the proper idiom
        in the main module:
            if __name__ == '__main__':
                freeze_support()
                ...
        The "freeze_support()" line can be omitted if the program
        is not going to be frozen to produce an executable.
python-BaseException

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Traceback xác định wfdb.io.dl_files và multiprocessing.Pool là các điểm vào; hãy tái hiện việc tải xuống trên Python 3.9.5 và kiểm tra cách hàm khởi động các worker. Hoàn thành khi cùng một lệnh gọi dl_files tải xuống tệp được yêu cầu mà không gặp lỗi khởi động multiprocessing.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
backend
Loại issue
Lỗi
Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
45/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.