MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Compute_Hr function miscalculates.

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主要言語
Jupyter Notebook
スター
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フォーク
322
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説明

I am working on the MIT-BIH records. The aim is to calculate the Heart Rate and find the maximum, minimum and the mean of the Heart rates. I extracted the ECG signal from the record, calculated the QRS peaks and calculated the Heart Rates using the compute_hr function from the wfdb package. Similarly extracted the QRS peaks from the annotation file and calculated the Heart Rates using the compute_hr function from the wfdb package. For the 101 record, the maximum Heart Rate from the annotations is 900.00bpm while the calculated qrs indices gave a maximum Heart rate of 111.3402bpm. I have this issue with many other records.

Python code:

record = wfdb.rdrecord(record_path, channels=[0])                                                                                                                                                                 
ann_ref = wfdb.rdann(record_path,'atr')
qrs_inds = processing.gqrs_detect(sig=record.p_signal[:,0], fs=record.fs)

heart_rate_wfdb = processing.compute_hr(sig_len=record.p_signal.shape[0], qrs_inds=qrs_inds, fs=record.fs)
heart_rate_wfdb = heart_rate_wfdb[np.logical_not(np.isnan(heart_rate_wfdb))]
heart_rate_min = "{0:.4f}".format(np.amin(heart_rate_wfdb))
heart_rate_max = "{0:.4f}".format(np.amax(heart_rate_wfdb))
heart_rate_mean = "{0:.4f}".format(np.mean(heart_rate_wfdb))

ref_heart_rate_wfdb = processing.compute_hr(sig_len=record.p_signal.shape[0], qrs_inds=ann_ref.sample[1:], fs=record.fs)
ref_heart_rate_wfdb = ref_heart_rate_wfdb[np.logical_not(np.isnan(ref_heart_rate_wfdb))]
ref_heart_rate_min = "{0:.4f}".format(np.amin(ref_heart_rate_wfdb))
ref_heart_rate_max = "{0:.4f}".format(np.amax(ref_heart_rate_wfdb))
ref_heart_rate_mean = "{0:.4f}".format(np.mean(ref_heart_rate_wfdb))`

Can someone tell me what is that I am doing wrong?

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

processing.compute_hr のエントリーポイントから開始し、issue にある record 101、qrs_inds、ann_ref.sample[1:] を使って比較を再現してください。2 つの QRS インデックス入力によって心拍数の極値がどのように異なる結果になるかを確認してください。不一致が説明され、確認された不具合があれば回帰テストでカバーされれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
data
issue の種類
バグ
難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
活発さ
停滞
明瞭さ
説明が足りない
初心者へのやさしさ
35/100

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