Compute_Hr function miscalculates.
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Descrizione
I am working on the MIT-BIH records. The aim is to calculate the Heart Rate and find the maximum, minimum and the mean of the Heart rates. I extracted the ECG signal from the record, calculated the QRS peaks and calculated the Heart Rates using the compute_hr function from the wfdb package. Similarly extracted the QRS peaks from the annotation file and calculated the Heart Rates using the compute_hr function from the wfdb package. For the 101 record, the maximum Heart Rate from the annotations is 900.00bpm while the calculated qrs indices gave a maximum Heart rate of 111.3402bpm. I have this issue with many other records.
Python code:
record = wfdb.rdrecord(record_path, channels=[0])
ann_ref = wfdb.rdann(record_path,'atr')
qrs_inds = processing.gqrs_detect(sig=record.p_signal[:,0], fs=record.fs)
heart_rate_wfdb = processing.compute_hr(sig_len=record.p_signal.shape[0], qrs_inds=qrs_inds, fs=record.fs)
heart_rate_wfdb = heart_rate_wfdb[np.logical_not(np.isnan(heart_rate_wfdb))]
heart_rate_min = "{0:.4f}".format(np.amin(heart_rate_wfdb))
heart_rate_max = "{0:.4f}".format(np.amax(heart_rate_wfdb))
heart_rate_mean = "{0:.4f}".format(np.mean(heart_rate_wfdb))
ref_heart_rate_wfdb = processing.compute_hr(sig_len=record.p_signal.shape[0], qrs_inds=ann_ref.sample[1:], fs=record.fs)
ref_heart_rate_wfdb = ref_heart_rate_wfdb[np.logical_not(np.isnan(ref_heart_rate_wfdb))]
ref_heart_rate_min = "{0:.4f}".format(np.amin(ref_heart_rate_wfdb))
ref_heart_rate_max = "{0:.4f}".format(np.amax(ref_heart_rate_wfdb))
ref_heart_rate_mean = "{0:.4f}".format(np.mean(ref_heart_rate_wfdb))`
Can someone tell me what is that I am doing wrong?
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia dal punto di ingresso processing.compute_hr e riproduci il confronto utilizzando record 101, qrs_inds e ann_ref.sample[1:] dell’issue. Verifica come i due input di indici QRS producano estremi diversi della frequenza cardiaca; il lavoro è completato quando la discrepanza è spiegata e qualsiasi difetto confermato è coperto da un test di regressione.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- data
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Da chiarire
- Idoneità per principianti
- 35/100