pyimport got stuck with deadlock
- 主要言語
- Julia
- スター
- 1.5k
- フォーク
- 186
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
説明
Hello,
I'm using PyCall v1.91.4 to import `rdkit.Chem` package from Python. It was working well until this Monday. The only change I made over the last weekend was to upgrade my scikit-learn package to 0.23.1 in Python. At first when I tried using `pyimport("rdkit.Chem")` in Julia on Monday, I got an error saying that `libmkl_intel_thread.dylib` was not loaded. After I did `conda install -c intel mkl`, even more strange issues occurred.
If I directly import Chem subpackage from rdkit, Julia will just get stuck with a deadlock
```
julia> Chem = pyimport("rdkit.Chem")
```
However, importing rdkit will not cause this issue.
```
julia> rdkit = pyimport("rdkit")
PyObject
```
The package itself doesn't seem to be problematic. When I imported it in Python, it was all good.
```
>>> import rdkit.Chem as Chem
>>> Chem.MolFromSmiles("C")
```
I've tried reconfiguring `ENV["PYTHON"] = my/path/to/correct/python` and then rebuild PyCall. But This didn't help. The `my/path/to/correct/python` was retrieved from using `which python`, so I think this is the correct path.
I even have tried completely reinstalling Julia v1.4.0 as well as wiping `~/.julia` folder but it didn't help either.
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
調査の方向性
まず、報告されている Python 環境で PyCall の pyimport("rdkit.Chem") を再現し、その後、デッドロックしない pyimport("rdkit") と比較します。MKL/scikit-learn 環境の変更と PyCall のインポートパスを調査します。Chem のインポートがハングせず完了すれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- python
- 領域
- tooling
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 初心者へのやさしさ
- 25/100