JuliaPy / JuliaPy/PyCall.jl

pyimport got stuck with deadlock

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主要言語
Julia
スター
1.5k
フォーク
186
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説明

Hello,

I'm using PyCall v1.91.4 to import `rdkit.Chem` package from Python. It was working well until this Monday. The only change I made over the last weekend was to upgrade my scikit-learn package to 0.23.1 in Python. At first when I tried using `pyimport("rdkit.Chem")` in Julia on Monday, I got an error saying that `libmkl_intel_thread.dylib` was not loaded. After I did `conda install -c intel mkl`, even more strange issues occurred.
If I directly import Chem subpackage from rdkit, Julia will just get stuck with a deadlock
```
julia> Chem = pyimport("rdkit.Chem")
```
However, importing rdkit will not cause this issue.
```
julia> rdkit = pyimport("rdkit")
PyObject
```

The package itself doesn't seem to be problematic. When I imported it in Python, it was all good.
```
>>> import rdkit.Chem as Chem
>>> Chem.MolFromSmiles("C")

```

I've tried reconfiguring `ENV["PYTHON"] = my/path/to/correct/python` and then rebuild PyCall. But This didn't help. The `my/path/to/correct/python` was retrieved from using `which python`, so I think this is the correct path.
I even have tried completely reinstalling Julia v1.4.0 as well as wiping `~/.julia` folder but it didn't help either.

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

調査の方向性

まず、報告されている Python 環境で PyCall の pyimport("rdkit.Chem") を再現し、その後、デッドロックしない pyimport("rdkit") と比較します。MKL/scikit-learn 環境の変更と PyCall のインポートパスを調査します。Chem のインポートがハングせず完了すれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
tooling
issue の種類
バグ
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
説明が足りない
初心者へのやさしさ
25/100

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