JuliaPy / JuliaPy/PyCall.jl

pyimport got stuck with deadlock

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Lenguaje dominante
Julia
Estrellas
1.5k
Forks
186
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

Hello,

I'm using PyCall v1.91.4 to import `rdkit.Chem` package from Python. It was working well until this Monday. The only change I made over the last weekend was to upgrade my scikit-learn package to 0.23.1 in Python. At first when I tried using `pyimport("rdkit.Chem")` in Julia on Monday, I got an error saying that `libmkl_intel_thread.dylib` was not loaded. After I did `conda install -c intel mkl`, even more strange issues occurred.
If I directly import Chem subpackage from rdkit, Julia will just get stuck with a deadlock
```
julia> Chem = pyimport("rdkit.Chem")
```
However, importing rdkit will not cause this issue.
```
julia> rdkit = pyimport("rdkit")
PyObject
```

The package itself doesn't seem to be problematic. When I imported it in Python, it was all good.
```
>>> import rdkit.Chem as Chem
>>> Chem.MolFromSmiles("C")

```

I've tried reconfiguring `ENV["PYTHON"] = my/path/to/correct/python` and then rebuild PyCall. But This didn't help. The `my/path/to/correct/python` was retrieved from using `which python`, so I think this is the correct path.
I even have tried completely reinstalling Julia v1.4.0 as well as wiping `~/.julia` folder but it didn't help either.

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Línea de trabajo

Empieza reproduciendo pyimport("rdkit.Chem") en PyCall con el entorno de Python indicado y compáralo después con pyimport("rdkit"), que no entra en deadlock. Investiga el cambio en el entorno de MKL/scikit-learn y la ruta de importación de PyCall; se considera terminado cuando la importación de Chem se completa sin quedarse bloqueada.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
python
Área
tooling
Tipo de issue
Error
Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Necesita aclaración
Aptitud para principiantes
25/100

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