CodeForPhilly / CodeForPhilly/chime

["model"] Fit all free parameters against longer hospital time series

オープン
#452 コメント 1 件 リアクション 0 件 担当者 0 名 GitHub で見る
models
主要言語
Python
スター
210
フォーク
153
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

### Summary

Among the inputs to the model, parameters can be broken up by which ones should be firm details of the population and hospital, or reliable local calculations, and which ones are unknowns that observations should fit

Firm
- Regional population
- Market share
- ICU and Ventilator usage, as a fraction of hospitalized cases
- Lengths of stay

Unknown
- % Infections requiring hospitalization
- Spread parameter (as initial beta, doubling time, whatever)
- latency from infection to hospital presentation (#340 for implementation of this variable)
- Effect of social distancing measures (as contact reduction rate, or adjusted beta, whatever)

Given a week or two worth of actual hospital admissions, it should be possible to automatically estimate values for all of these parameters.

### Additional details

One potential confounding factor would be if the standard for hospitalization changes over time, to reflect increasing healthcare system burden and narrowed focus on the most critical cases.

Of the unknowns, latency should be the most general across regions and populations, but may still vary with distribution of demographics, comorbidities, etc, so it seems worth treating it as local.

### Suggested fix

Take as many days of hospital admission data as available as input, and automatically determine all possible parameters.

コントリビューションガイド

コントリビューションガイドを開く

調査の方向性

ファイル、テスト、エントリポイントは指定されていません。まず、既存のモデルパラメータ入力と入院データのパスを特定し、次に latency 変数について issue #340 を確認してください。利用可能なすべての入院日から、入院基準が変化している可能性を考慮しながら、列挙されたすべての未知数をフィッティングできれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
data, machine-learning
issue の種類
機能追加
難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
活発さ
停滞
明瞭さ
説明が足りない
初心者へのやさしさ
20/100

新しい issue をメールで受け取る

初心者向けの GitHub issue を短くまとめたダイジェスト。