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AllenNeuralDynamics
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aind-ephys-pipeline
AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data
Nextflow · 41 étoiles
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aind-data-schema
A library that defines AIND data schema and validates JSON.
Python · 34 étoiles
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openscope-community-predictive-processing
This repository serves as a hub for community-driven contributions, documentation, and project tracking of the OpenScope Predictive Proce...
Python · 26 étoiles
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aind-ephys-spikesort-kilosort25-full
CodeOcean capsule for full electrophysiology analysis pipeline using Kilosort2.5 via SpikeInterface.
Python · 14 étoiles
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aind-large-scale-cellpose
Large-scale cell segmentation with cellpose.
Python · 10 étoiles
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Rhapso
An open-source Python toolkit for large-scale fluorescence microscopy data alignment and fusion.
Python · 9 étoiles
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dynamic-foraging-task
Bonsai/Harp workflow for Dynamic Foraging with Python GUI for visualization and control
Python · 7 étoiles
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aind-smartspim-pipeline
Repository that hosts the SmartSPIM pipeline code
Nextflow · 6 étoiles
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TigerASI
a lightweight python interface for ASI brand Tiger Controllers
Python · 5 étoiles
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wavpack-numcodecs
Numcodecs implementation of the WavPack audio codec
C · 5 étoiles
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anivia
Fork of VGG VIA to better support annotation of animal pose images
JavaScript · 4 étoiles
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harp.device.treadmill-driver
0326: a Harp-compatible device for controlling an instrumented mouse treadmill
Jupyter Notebook · 4 étoiles
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voxel-classic
General purpose microscope control repository
Python · 4 étoiles
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view
Model/View for exa-spim
Python · 4 étoiles
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harp.device.lickety-split
0360: an ephys-compliant capacitive lick detector
C++ · 4 étoiles
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runze-control
Python Driver for Aurora Pro Scientific (aka Runze Fluid) syringe pumps
Python · 4 étoiles
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parallax
Automatic detection of probe position from multiple camera views
Python · 4 étoiles
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aind-SmartSPIM-segmentation
segmentation module for SmartSPIM cloud pipeline
Python · 4 étoiles
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aind-smartspim-stitch
Stitching and fusion pipeline in the cloud
Python · 4 étoiles
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aind-smartspim-ccf-registration
Registration of lightsheet whole brain images to the Allen CCF V3 Atlas
Python · 4 étoiles
- 216 autres dépôts se trouvent sur Voir sur GitHub
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Add segmentation module Ouverteenhancement
AllenNeuralDynamics/lightsheet-compression-tests#4 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/python-newscale#2 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/python-newscale#4 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/python-newscale#6 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Unprintable USBxpress exceptions Ouverte
AllenNeuralDynamics/python-newscale#9 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Timeout exception Ouverte
AllenNeuralDynamics/python-newscale#10 · 6 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#1 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#2 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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joystick axes should be remapped Ouverte
AllenNeuralDynamics/spim-core#5 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#21 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#22 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/diSpim-UI#24 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Multiscan Ability Ouverte
AllenNeuralDynamics/diSpim-UI#29 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Overview fails when larger area Ouverte
AllenNeuralDynamics/diSpim-UI#32 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#6 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#8 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Check System Memory Ouverteworking_on_it
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#10 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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Python "Class"ification Refactor Ouverteneeds_hardware_test
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#14 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#17 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#20 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#21 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#25 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Config Validation Ouverte
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#26 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Improved Hardware Agnosticism Ouvertearchitecture
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#27 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#31 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#32 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#33 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#34 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Coherent Genesis Laser Driver Ouverte
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#36 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Log File Quirks Ouverte
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#37 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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Missing Schema Fields Ouverte
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#40 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#47 · 3 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#49 · 2 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#51 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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MIP Process Ouverte
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#52 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#53 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#54 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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Draft Test Folder for tests Ouverte
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#55 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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Reset NIDAQ Ouverte
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#56 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#57 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#60 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#17 · 13 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#22 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Postprocessing hangs Ouverte
AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#24 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Docker file issue on CodeOcean Ouvertequestion
AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#28 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Error using indexing Ouverte
AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#29 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Generic way to change spim state Ouverte
AllenNeuralDynamics/exaSpim-UI#1 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenNeuralDynamics/exaSpim-UI#4 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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ExaSpim UI Feature Adds Ouverte
AllenNeuralDynamics/exaSpim-UI#5 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenNeuralDynamics/exaSpim-UI#6 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·