Owner

AllenNeuralDynamics

236 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen

aind-ephys-pipeline
AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data

Nextflow · 41 Sterne
aind-data-schema
A library that defines AIND data schema and validates JSON.

Python · 34 Sterne
openscope-community-predictive-processing
This repository serves as a hub for community-driven contributions, documentation, and project tracking of the OpenScope Predictive Proce...

Python · 26 Sterne
aind-ephys-spikesort-kilosort25-full
CodeOcean capsule for full electrophysiology analysis pipeline using Kilosort2.5 via SpikeInterface.

Python · 14 Sterne
aind-large-scale-cellpose
Large-scale cell segmentation with cellpose.

Python · 10 Sterne
Rhapso
An open-source Python toolkit for large-scale fluorescence microscopy data alignment and fusion.

Python · 9 Sterne
dynamic-foraging-task
Bonsai/Harp workflow for Dynamic Foraging with Python GUI for visualization and control

Python · 7 Sterne
aind-smartspim-pipeline
Repository that hosts the SmartSPIM pipeline code

Nextflow · 6 Sterne
TigerASI
a lightweight python interface for ASI brand Tiger Controllers

Python · 5 Sterne
wavpack-numcodecs
Numcodecs implementation of the WavPack audio codec

C · 5 Sterne
anivia
Fork of VGG VIA to better support annotation of animal pose images

JavaScript · 4 Sterne
harp.device.treadmill-driver
0326: a Harp-compatible device for controlling an instrumented mouse treadmill

Jupyter Notebook · 4 Sterne
voxel-classic
General purpose microscope control repository

Python · 4 Sterne
view
Model/View for exa-spim

Python · 4 Sterne
harp.device.lickety-split
0360: an ephys-compliant capacitive lick detector

C++ · 4 Sterne
runze-control
Python Driver for Aurora Pro Scientific (aka Runze Fluid) syringe pumps

Python · 4 Sterne
parallax
Automatic detection of probe position from multiple camera views

Python · 4 Sterne
aind-SmartSPIM-segmentation
segmentation module for SmartSPIM cloud pipeline

Python · 4 Sterne
aind-smartspim-stitch
Stitching and fusion pipeline in the cloud

Python · 4 Sterne
aind-smartspim-ccf-registration
Registration of lightsheet whole brain images to the Allen CCF V3 Atlas

Python · 4 Sterne
216 weitere Repositories liegen auf Auf GitHub ansehen

Offen Alle

Bisher 1400 offene Issues indexiert

Add VARS to each file directory where custom variables can be applied to all files Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#32 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
How to structure subject specific configs Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#30 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 3 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Remove db-structure-related contents of settings.json Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#38 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Remove/abstract-out need to install settings.json on the target system Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#39 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Remove database specific functionality in services/config.py Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#41 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Determine how to handle merging partial configs Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#43 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Default dict option should be none in `get_config` Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#45 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Hierarchical Save that respects Scope Order Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#47 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Update `get_all_files` or split into two functions. Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#49 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add github repo storage Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#52 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Document use cases for scopes and modes Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#53 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Make ficus api file-extension agnostic Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#54 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Data stores should deal with str instead of bytes Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#55 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add option for non-jsonable files Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#60 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Make scope order come from ficus settings Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#61 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Support aliases for scope identifiers for friendly names Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#64 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Refactor services/configs _save_one_config_override (and delete) to use file_crud Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#67 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Make deep-update and variants support sets and possibly lists Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#69 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Use clearer example data in unit tests Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#76 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Confierge - cache for post_config as well Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#77 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Notes on ficus design Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#81 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add list_modes in leaves router Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#83 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add branch protection to main and dev branch Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#84 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
`get_cache_dir` is not re-imported at the top level package Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#85 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Unclear how to user should interact with the database Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#86 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Confierge should write readme in config cache directory Offen

AllenNeuralDynamics/ficus#87 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Missing V2 DocDB assets Offen

AllenNeuralDynamics/aind-data-asset-indexer#187 · 5 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Add SmartSPIM metadata mapper Offen

AllenNeuralDynamics/aind-smartspim-data-transformation#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Set `start` and `end` based on data Offen

AllenNeuralDynamics/aind-smartspim-data-transformation#18 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add nominal coordinates into the OMEZarr metadata Offen

AllenNeuralDynamics/aind-smartspim-data-transformation#26 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Calculate image statistics for basic QC Offen

AllenNeuralDynamics/aind-smartspim-data-transformation#27 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Upgrade to aind-data-schema v2 Offen

AllenNeuralDynamics/aind-smartspim-data-transformation#28 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Allow de-activated tiles Offen

AllenNeuralDynamics/aind-smartspim-data-transformation#31 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
1st Draft TODOs Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Harpification App Requirements Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add docs to bonsai interface Offen

documentation

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#9 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Exports should not include AIND logo Offen

0.6.1

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#11 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Make visual indicators optionally disable-able Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#12 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Clean up algorithm to be more user-friendly Offen

firmware

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#18 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
thresholds should be readable and writeable across cores Offen

firmware

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#22 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Baseline should update more slowly and indicate state. Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#23 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
"No signal" should be flagged as an error. Offen

firmware

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#25 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Interim Slow lick detection filter algorithm for Behavior Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#26 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Alterations for a more general-purpose design Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#30 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Consider common mode choke for connector inputs Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#32 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Adaptive threshold too fast? Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#35 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
V0.7: LTC6081 is too slow to work in bandpass filter configuration. Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#36 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
V0.7: Analog switches cannot represent negative voltages Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#37 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Update interface for latest register spec Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#38 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Obsolete part Offen

AllenNeuralDynamics/harp.device.lickety-split#39 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026

AllenNeuralDynamics

Neue Issues direkt in Ihr Postfach