AllenNeuralDynamics / AllenNeuralDynamics/aind-ophys-roicat-session-matching

Unreliable plane index definition

Đang mở
#9 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
0
Fork
0
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

In path_io.py, plane_index is defined by os.listdir(session_dir) in load_session_planes (https://github.com/AllenNeuralDynamics/aind-ophys-roicat-session-matching/blob/main/code/path_io.py#L51). But this requires assumption that the plane indices remain the same across sessions. This was violated when new types of files are added (e.g., 9697b3bc-5085-4aac-b475-7235b9cf80fc).

Instead, it would be better to list plane ids across sessions first, dub indices to them (based on numbering at the end, or by sorting the plane names), and then run the rest of the pipeline.

It failed when running 823831 due to added files such as "-46.0.tif"

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.