AllenNeuralDynamics

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline

AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data

Stelle: 41
Fork: 10
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 19
Merge medio: 25m
PR unite (30g): 2

Lingua principale: Nextflow
Licenza: MIT
Ultimo push su GitHub: 11/9/2026
Ultima indicizzazione: 13/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Aperta Tutte

19 issue aperte indicizzate

Add obs_intervals to NWB when concatenating recordings Aperta

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#15 · 1 commento · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Exporting results after data is split into groups Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#45 · 8 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Add option to process multiple sessions Aperta

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#47 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
requirements.txt are not satisfiable Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#57 · 3 commenti · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
ERROR on local (real) data file Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#61 · 4 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
needs a boost for timeout of hugging face downloads Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#64 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Allow to pre-fetch and then point/reuse all online materials (like hugging face models) Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#69 · 5 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Question: How to use NWB for intermediate steps? Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#74 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Support for recordings with subset of Neuropixels channels saved (e.g., 200 of 384) Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#76 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
[Testing Arch] Set up ecephys spikesorting pipeline in dev Code Ocean environment Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#82 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Provide option to skip containers and use a local venv for debugging Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#89 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Add semantic versioning to the ephys pipeline Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#108 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Add automation capsule Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#111 · 3 commenti · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Machine readable NextFlow logs? Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#115 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Add process to load "artifacts" from input folder Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#120 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Add `logging` section to the parameters Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#123 · 1 commento · 0 reazioni · 2 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Add validation against schema at the top of `main.nf` if external params file is used Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#124 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Use `forkserver` instead of `spawn` as default `mp_conext` Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#125 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
quality_control crashes on recordings with saturation events: get_times() gets called with start_frame/end_frame Aperta

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#126 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.