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AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline

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AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data

Estrellas: 41
Forks: 10
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 19
Merge medio: 25 min
PR fusionados (30 d): 2

Lenguaje dominante: Nextflow
Licencia: MIT
Último push a GitHub: 11/9/2026
Última indexación: 13/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Abierto Todos

19 issues abiertos indexados

Add obs_intervals to NWB when concatenating recordings Abierto

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#15 · 1 comentario · 1 reacción · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Exporting results after data is split into groups Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#45 · 8 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Add option to process multiple sessions Abierto

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#47 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
requirements.txt are not satisfiable Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#57 · 3 comentarios · 1 reacción · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
ERROR on local (real) data file Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#61 · 4 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
needs a boost for timeout of hugging face downloads Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#64 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Allow to pre-fetch and then point/reuse all online materials (like hugging face models) Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#69 · 5 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Question: How to use NWB for intermediate steps? Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#74 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Support for recordings with subset of Neuropixels channels saved (e.g., 200 of 384) Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#76 · 2 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
[Testing Arch] Set up ecephys spikesorting pipeline in dev Code Ocean environment Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#82 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Provide option to skip containers and use a local venv for debugging Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#89 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Add semantic versioning to the ephys pipeline Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#108 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Add automation capsule Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#111 · 3 comentarios · 1 reacción · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Machine readable NextFlow logs? Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#115 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Add process to load "artifacts" from input folder Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#120 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Add `logging` section to the parameters Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#123 · 1 comentario · 0 reacciones · 2 asignados · Indexado el 13/9/2026
Add validation against schema at the top of `main.nf` if external params file is used Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#124 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Use `forkserver` instead of `spawn` as default `mp_conext` Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#125 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
quality_control crashes on recordings with saturation events: get_times() gets called with start_frame/end_frame Abierto

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-pipeline#126 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026

Un resumen breve de issues de GitHub para principiantes.