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AllenCell
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vole-core
core rendering canvas and data loading services for Vol-E volume viewer
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agave
High quality visualization for volumetric image data
C++ · 62 stelle
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aics-segmentation
Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow
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cvapipe_analysis
Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper
Jupyter Notebook · 24 stelle
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napari-allencell-segmenter
A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science
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segmenter_model_zoo
scripts and API for running Deep Learning models from segmenter
Jupyter Notebook · 10 stelle
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benchmarking_representations
Benchmarking different methods for extracting unsupervised representations from images
Python · 7 stelle
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allencell-segmenter-ml
Napari plugin for ml segmentation
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endothelial-pipeline
Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states
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cell-feature-explorer
Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer
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EMT_data_analysis
This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.
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camera-alignment-core
Core algorithms for alignment of two-camera microscopy imagery
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cellpack-client
Frontend interface for cellPACK
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cell-catalog
Cell catalog 2.0
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Refactor pass 1 Apertaengine enhancement segmenter UI
AllenCell/napari-allencell-segmenter#68 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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engine enhancement
AllenCell/napari-allencell-segmenter#100 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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engine enhancement needs grooming UI
AllenCell/napari-allencell-segmenter#106 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Can't save selected layer Apertabug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#124 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Custom workflows Apertaengine enhancement needs grooming segmenter UI
AllenCell/napari-allencell-segmenter#127 · 3 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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engine enhancement
AllenCell/napari-allencell-segmenter#132 · 1 commento · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#144 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#154 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#155 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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bug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#156 · 6 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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bug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#157 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#160 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Pytests do not run Aperta
AllenCell/napari-allencell-segmenter#161 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Add developer documentation Aperta
AllenCell/napari-allencell-segmenter#162 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#163 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Error Saving Workflow Apertabug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#165 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Print centroids of ROIs Apertabug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#166 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/nuc-morph-analysis#64 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Build/publish automation Aperta
AllenCell/camera-alignment-core#22 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/camera-alignment-core#24 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/camera-alignment-core#30 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/camera-alignment-core#34 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Unit tests fail on main Aperta
AllenCell/camera-alignment-core#36 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#29 · 3 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#37 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#38 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#39 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#40 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#41 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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add torch.compile to models Aperta
AllenCell/cyto-dl#173 · 2 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/cyto-dl#176 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/cyto-dl#225 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario ·
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AllenCell/cyto-dl#374 · 15 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/cyto-dl#379 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Support python 3.12 and 3.13 Aperta
AllenCell/cyto-dl#419 · 3 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Windows tests time out Aperta
AllenCell/cyto-dl#422 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Add DiffAE to tests Aperta
AllenCell/cyto-dl#466 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Add docs link to README Aperta
AllenCell/cyto-dl#474 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Upgrade Pytorch Aperta
AllenCell/cyto-dl#495 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/cyto-dl#507 · 4 commenti · 0 reazioni · 5 assegnatari ·
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AllenCell/cell-feature-explorer#107 · 1 commento · 1 reazione · 0 assegnatari ·
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good first issue
AllenCell/cell-feature-explorer#110 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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bug
AllenCell/cell-feature-explorer#114 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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enhancement ux
AllenCell/cell-feature-explorer#124 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/cell-feature-explorer#125 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/cell-feature-explorer#135 · 4 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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AllenCell/cell-feature-explorer#139 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari ·
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Enable Zarr download Apertaux
AllenCell/cell-feature-explorer#141 · 1 commento · 0 reazioni · 2 assegnatari ·