Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically

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#21 创建于 2020年4月21日 2 条评论 0 个 reaction 已指派 0 人在 GitHub 查看

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评估

难度: 4/5
预计耗时: 3-5 天
新手友好度: 45/100

Issue 类型: 功能
描述清晰度: 基本清楚
活跃度: 停滞
技术栈: python
领域: data-visualization

调研方向

Start with the visualization-table handling for the XValues column, then review how measurement time and the first condition-file column currently select plots. Use the PEtab-dev/PEtab#283 conversation and the linked supplementary example as context. Done means automatically plotting all conditions, including multiple dose-response subplots when XValues is absent.

由索引模型根据 Issue 内容生成。

描述

visualization

If in the visualization table, the column XValues is not provided, it is inferred:

if in measurement file measurement time is not constant, then XValues = 'time' ->plot time course
if its constant, then dose response plots are plotted. For now, only the first column in the condition file is taken into account.
Expand to automatically plot all conditions. Ideally like subplots B and C in:
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article/file?type=supplementary&id=info:doi/10.1371/journal.pcbi.1007147.s005

see conversation in PEtab-dev/PEtab#283.

主要语言: Python
星标: 18
派生: 9
PR 合并指标: 30 天内没有已合并 PR

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