scverse / scverse/spatialdata-tutorials
Check reproducibility of Steinbock and NanoString notebooks on Windows
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- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 67
- Fork
- 26
- Merge medio
- 4m
- PR unite (30g)
- 1
Descrizione
As reported here for Steinbock (https://github.com/scverse/spatialdata-io/issues/129) and here for NanoString (https://github.com/scverse/spatialdata/issues/637), it looks like that / in paths (I guess inside one of the AnnData objects), create reproducibility issues on Windows machine.
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia eseguendo i notebook Steinbock e NanoString su Windows e controlla le issue collegate di spatialdata-io e spatialdata per il comportamento dei percorsi segnalato. Confronta i percorsi AnnData e gli output dei notebook risultanti con i risultati attesi; il lavoro è completato quando il problema di riproducibilità è confermato e vengono identificati i passaggi o i percorsi interessati dei notebook.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- jupyter-notebook
- Ambito
- operating-systems, testing
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Da chiarire
- Idoneità per principianti
- 30/100