scverse / scverse/spatialdata-tutorials
Check reproducibility of Steinbock and NanoString notebooks on Windows
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- Vorherrschende Sprache
- Jupyter Notebook
- Sterne
- 67
- Forks
- 26
- Ø Merge
- 4 Min.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 1
Beschreibung
As reported here for Steinbock (https://github.com/scverse/spatialdata-io/issues/129) and here for NanoString (https://github.com/scverse/spatialdata/issues/637), it looks like that / in paths (I guess inside one of the AnnData objects), create reproducibility issues on Windows machine.
Beitragsleitfaden
Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne damit, die Steinbock- und NanoString-Notebooks unter Windows auszuführen, und prüfe die verlinkten spatialdata-io- und spatialdata-Issues auf das gemeldete Pfadverhalten. Vergleiche die resultierenden AnnData-Pfade und Notebook-Ausgaben mit den erwarteten Ergebnissen; abgeschlossen ist die Aufgabe, wenn das Reproduzierbarkeitsproblem bestätigt und die betroffenen Notebook-Schritte oder Pfade identifiziert wurden.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- jupyter-notebook
- Bereich
- operating-systems, testing
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Anfängerfreundlichkeit
- 30/100