Daemon mode mypy checks way more files the second time with the same command run

Bug Report

Daemon mode mypy takes a long time to check the same file with no modifications done

To Reproduce

git clone https://github.com/Ryang20718/mypy-repro
cd mypy-repro
python3 -m venv .venv
pip install -r requirements.txt
dmypy run example/c.py
dmypy run example/c.py

Expected Behavior

I'd expect dmypy to report no issues both times, but it hangs the second time

Actual Behavior

based on the timing file, we see time spent on numpy

(.venv)mypyrepro ryang$ dmypy run example/c.py 
Daemon started
Success: no issues found in 1 source file
(.venv) mypyrepro ryang$ dmypy run example/c.py 
Success: no issues found in 1087 source files

Your Environment

• Mypy version used: 1.10.0
• Mypy command-line flags: dmypy run example/c.py
• Mypy configuration options from mypy.ini https://github.com/Ryang20718/mypy-repro/blob/main/.mypy.ini
• Python version used: 3.10

Reproduziere das Problem mit der aufgeführten virtualenv, mypy.ini und den wiederholten dmypy run example/c.py-Befehlen. Vergleiche den ersten und den zweiten Lauf, einschließlich der Timing-Datei und der unerwarteten numpy-Prüfungen, und verfolge anschließend die inkrementelle Arbeit des Daemons. Erledigt ist die Aufgabe, wenn der unveränderte zweite Befehl nur die angeforderte Datei prüft und ohne die lange Verzögerung das erwartete Ergebnis meldet.