plotly / plotly/plotly.R

Surface plot freezes when hovering on missing data and `connectgaps = TRUE`

Đang mở
#2,124 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
R
Star
2.7k
Fork
641
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Surface plot freezes when hovering on missing data when connectgaps = TRUE. It seems dependent on the size of the matrix.

Below, a reproducible example with different scenarios:

  1. Using the initial 15x14 matrix, the plot freezes when hovering in the bottom right corner, where the NA values are.
  2. With connectgaps = FALSE no more freezing
  3. Transposing the matrix also works
  4. Making the matrix a smaller also solves the issue

My original data is bigger, I searched for the smaller possible matrix where the problem occurred.

Thanks!

library(dplyr)
library(plotly)
DF_RAW = structure(c(181, 163, 60, 124, 76, 62, 73, 59, 17, 21, 26, 7, NA, NA, NA, 
                 188, 145, 61, 130, 61, 59, 62, 57, 20, 22, 22, 6, NA, NA, NA, 
                 137, 154, 54, 191, 75, 56, 65, 56, 22, 27, 33, 14, NA, NA, NA, 
                 126, 185, 65, 109, 51, 71, 57, 38, 25, 23, 21, 10, NA, NA, NA, 
                 150, 144, 44, 123, 58, 24, 48, 41, 19, 26, 21, 5, NA, NA, NA, 
                 138, 137, 61, 130, 67, 34, 60, 44, 19, 21, 16, 4, NA, NA, NA, 
                 121, 146, 101, 92, 70, 74, 88, 33, 18, 39, 24, 12, NA, NA, NA, 
                 NA, 160, 129, 117, 70, 61, 42, 35, 22, 25, 21, 7, 135, 23, 8, 
                 NA, 129, 130, 107, 64, 61, 44, 25, 23, 30, 18, 11, 140, 58, 40, 
                 NA, 136, 131, 96, 53, 31, 51, 37, 43, 31, 19, 2, 111, 73, 41, 
                 NA, 124, 154, 74, 62, 44, 34, 15, 26, 23, 20, 6, 113, 105, 19, 
                 NA, 126, 251, 76, 73, 84, 47, 40, 32, 25, 32, 6, 131, 106, 13, 
                 NA, 129, 194, 91, 53, 99, 46, 34, 60, 21, 17, 6, 148, 142, 26, 
                 NA, 115, 119, 88, 64, 108, 37, 24, 49, 26, 17, 6, 158, 151, 47), 
               .Dim = 15:14, 
               .Dimnames = list(c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15"), 
                                c("2006", "2007", "2008", "2009", "2010", "2011", "2012", "2013", "2014", "2015", "2016", "2017", "2018", "2019")))

When hovering in the bottom right corner, where the big chunk of missing data is (connectgaps = TRUE), the plot freezes.


# Freezes when hovering  --------------------------------------------------

DF = DF_RAW
plotly::plot_ly(x = ~ colnames(DF),
                y = ~ rownames(DF),
                z = ~ DF) %>% 
  plotly::add_surface(connectgaps = TRUE)

Rplot2

If we use connectgaps = FALSE it does not freeze when hovering on bottom right corner

# WORKS  --------------------------------------------------

DF = DF_RAW
plotly::plot_ly(x = ~ colnames(DF),
                y = ~ rownames(DF),
                z = ~ DF) %>% 
  plotly::add_surface(connectgaps = FALSE)

If we transpose the DF it does not freeze when hovering on bottom left corner (where chunk of missing data is now)

# WORKS  --------------------------------------------------

DF = t(DF_RAW)
plotly::plot_ly(x = ~ colnames(DF),
                y = ~ rownames(DF),
                z = ~ DF) %>% 
  plotly::add_surface(connectgaps = TRUE)

If we make the matrix a tad smaller, the DF it does not freeze when hovering on bottom right corner. I tried this with different sets of data. It seems freezing occurs when the matrix is > 14x14 and connectgaps = TRUE

# WORKS  --------------------------------------------------

DF = DF_RAW[1:14,]
plotly::plot_ly(x = ~ colnames(DF),
                y = ~ rownames(DF),
                z = ~ DF) %>% 
  plotly::add_surface(connectgaps = TRUE)

Created on 2022-04-25 by the reprex package (v2.0.1)

Session info 
sessioninfo::session_info()
#> ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
#>  setting  value
#>  version  R version 4.1.3 (2022-03-10)
#>  os       Ubuntu 20.04.4 LTS
#>  system   x86_64, linux-gnu
#>  ui       X11
#>  language (EN)
#>  collate  en_US.UTF-8
#>  ctype    en_US.UTF-8
#>  tz       Atlantic/Canary
#>  date     2022-04-25
#>  pandoc   2.17.1.1 @ /usr/lib/rstudio/bin/quarto/bin/ (via rmarkdown)
#> 
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#>  package     * version     date (UTC) lib source
#>  assertthat    0.2.1       2019-03-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  callr         3.7.0       2021-04-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  cli           3.2.0       2022-02-14 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  colorspace    2.0-3       2022-02-21 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  crayon        1.5.1       2022-03-26 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  crosstalk     1.2.0       2021-11-04 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  curl          4.3.2       2021-06-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  data.table    1.14.2      2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.1)
#>  DBI           1.1.2       2021-12-20 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  digest        0.6.29      2021-12-01 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  dplyr       * 1.0.8       2022-02-08 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  ellipsis      0.3.2       2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  evaluate      0.15        2022-02-18 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  fansi         1.0.3       2022-03-24 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  farver        2.1.0       2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  fastmap       1.1.0       2021-01-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  fs            1.5.2       2021-12-08 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  generics      0.1.2       2022-01-31 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  ggplot2     * 3.3.5       2021-06-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  glue          1.6.2       2022-02-24 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  gtable        0.3.0       2019-03-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  highr         0.9         2021-04-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  htmltools     0.5.2       2021-08-25 [1] CRAN (R 4.1.1)
#>  htmlwidgets   1.5.4       2021-09-08 [1] CRAN (R 4.1.1)
#>  httr          1.4.2       2020-07-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  jsonlite      1.8.0       2022-02-22 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  knitr         1.38        2022-03-25 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  lazyeval      0.2.2       2019-03-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  lifecycle     1.0.1       2021-09-24 [1] CRAN (R 4.1.1)
#>  magrittr      2.0.3       2022-03-30 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  mime          0.12        2021-09-28 [1] CRAN (R 4.1.1)
#>  munsell       0.5.0       2018-06-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  pillar        1.7.0       2022-02-01 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  pkgconfig     2.0.3       2019-09-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  plotly      * 4.10.0.9001 2022-04-25 [1] Github (plotly/plotly@01582b8)
#>  processx      3.5.3       2022-03-25 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  ps            1.7.0       2022-04-23 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  purrr         0.3.4       2020-04-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  R.cache       0.15.0      2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  R.methodsS3   1.8.1       2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  R.oo          1.24.0      2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  R.utils       2.11.0      2021-09-26 [1] CRAN (R 4.1.1)
#>  R6            2.5.1       2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.1)
#>  reprex        2.0.1       2021-08-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  rlang         1.0.2       2022-03-04 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  rmarkdown     2.13        2022-03-10 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  rstudioapi    0.13        2020-11-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  scales        1.2.0       2022-04-13 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  sessioninfo   1.2.2       2021-12-06 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  stringi       1.7.6       2021-11-29 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  stringr       1.4.0       2019-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  styler        1.7.0       2022-03-13 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  tibble        3.1.6       2021-11-07 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  tidyr         1.2.0       2022-02-01 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  tidyselect    1.1.2       2022-02-21 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  utf8          1.2.2       2021-07-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  vctrs         0.4.1       2022-04-13 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  viridisLite   0.4.0       2021-04-13 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  webshot       0.5.3       2022-04-14 [1] CRAN (R 4.1.3)
#>  withr         2.5.0       2022-03-03 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  xfun          0.30        2022-03-02 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  xml2          1.3.3       2021-11-30 [1] CRAN (R 4.1.2)
#>  yaml          2.3.5       2022-02-21 [1] CRAN (R 4.1.2)
#> 
#>  [1] /home/emrys/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1
#>  [2] /usr/local/lib/R/site-library
#>  [3] /usr/lib/R/site-library
#>  [4] /usr/lib/R/library
#> 
#> ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách chạy bản tái hiện R được cung cấp với plotly::plot_ly() và add_surface(connectgaps = TRUE), sau đó so sánh các trường hợp dữ liệu bị thiếu, connectgaps = FALSE, chuyển vị và ma trận nhỏ hơn. Truy vết hành vi hover từ điểm vào này. Được xem là hoàn tất khi việc hover trên vùng dữ liệu bị thiếu không còn làm treo ma trận được báo cáo và các trường hợp so sánh vẫn tiếp tục hoạt động.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
r
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
38/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.