plotly / plotly/plotly.R

error_x ignores user provided value; defaults to 10 always

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Langage dominant
R
Étoiles
2.7k
Forks
641
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

Using the example for coef plots here, I find that no matter what values are provided o error_x = ~ ... , the plot always shows error bars at 10% of the point-estimate.


Brief description of the problem

library(plotly)
#> Loading required package: ggplot2
#> 
#> Attaching package: 'plotly'
#> The following object is masked from 'package:ggplot2':
#> 
#>     last_plot
#> The following object is masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter
#> The following object is masked from 'package:graphics':
#> 
#>     layout
library(ggplot2)

fit <- lm(mpg ~ cyl + disp + wt, mtcars)
summary(fit)
#> 
#> Call:
#> lm(formula = mpg ~ cyl + disp + wt, data = mtcars)
#> 
#> Residuals:
#>     Min      1Q  Median      3Q     Max 
#> -4.4035 -1.4028 -0.4955  1.3387  6.0722 
#> 
#> Coefficients:
#>              Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
#> (Intercept) 41.107678   2.842426  14.462 1.62e-14 ***
#> cyl         -1.784944   0.607110  -2.940  0.00651 ** 
#> disp         0.007473   0.011845   0.631  0.53322    
#> wt          -3.635677   1.040138  -3.495  0.00160 ** 
#> ---
#> Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
#> 
#> Residual standard error: 2.595 on 28 degrees of freedom
#> Multiple R-squared:  0.8326, Adjusted R-squared:  0.8147 
#> F-statistic: 46.42 on 3 and 28 DF,  p-value: 5.399e-11

# Plots Don't Agree. Plotly shows incoprrect error bars
goodplot <- GGally::ggcoef(fit, sort = "ascending")
#> Registered S3 method overwritten by 'GGally':
#>   method from   
#>   +.gg   ggplot2
badplot <- fit %>% broom::tidy() %>%
        mutate(term = forcats::fct_reorder(term, estimate)) %>%
        plot_ly(x = ~ estimate, y = ~ term) %>%
        add_markers(
                error_x = ~ list(value = std.error),
                color = I("black"),
                hoverinfo = "x"
        )

Created on 2020-03-02 by the reprex package (v0.3.0)

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Piste de recherche

Commencez par l’appel à add_markers() du reprex et son mappage error_x = ~ list(value = std.error), puis suivez la manière dont l’interface R gère les valeurs de barres d’erreur fournies par l’utilisateur. Reproduisez le graphique à l’aide du modèle mtcars et confirmez que les erreurs standard fournies sont affichées à la place des valeurs par défaut de 10 %.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
plotly, r
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Bug
Difficulté
3/5
Temps estimé
1-2 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
38/100

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