error_x ignores user provided value; defaults to 10 always
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- Vorherrschende Sprache
- R
- Sterne
- 2.7k
- Forks
- 641
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Beschreibung
Using the example for coef plots here, I find that no matter what values are provided o error_x = ~ ... , the plot always shows error bars at 10% of the point-estimate.
Brief description of the problem
library(plotly)
#> Loading required package: ggplot2
#>
#> Attaching package: 'plotly'
#> The following object is masked from 'package:ggplot2':
#>
#> last_plot
#> The following object is masked from 'package:stats':
#>
#> filter
#> The following object is masked from 'package:graphics':
#>
#> layout
library(ggplot2)
fit <- lm(mpg ~ cyl + disp + wt, mtcars)
summary(fit)
#>
#> Call:
#> lm(formula = mpg ~ cyl + disp + wt, data = mtcars)
#>
#> Residuals:
#> Min 1Q Median 3Q Max
#> -4.4035 -1.4028 -0.4955 1.3387 6.0722
#>
#> Coefficients:
#> Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
#> (Intercept) 41.107678 2.842426 14.462 1.62e-14 ***
#> cyl -1.784944 0.607110 -2.940 0.00651 **
#> disp 0.007473 0.011845 0.631 0.53322
#> wt -3.635677 1.040138 -3.495 0.00160 **
#> ---
#> Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
#>
#> Residual standard error: 2.595 on 28 degrees of freedom
#> Multiple R-squared: 0.8326, Adjusted R-squared: 0.8147
#> F-statistic: 46.42 on 3 and 28 DF, p-value: 5.399e-11
# Plots Don't Agree. Plotly shows incoprrect error bars
goodplot <- GGally::ggcoef(fit, sort = "ascending")
#> Registered S3 method overwritten by 'GGally':
#> method from
#> +.gg ggplot2
badplot <- fit %>% broom::tidy() %>%
mutate(term = forcats::fct_reorder(term, estimate)) %>%
plot_ly(x = ~ estimate, y = ~ term) %>%
add_markers(
error_x = ~ list(value = std.error),
color = I("black"),
hoverinfo = "x"
)
Created on 2020-03-02 by the reprex package (v0.3.0)
Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne mit dem Aufruf von add_markers() im Reprex und seiner Zuordnung error_x = ~ list(value = std.error), und verfolge dann, wie die R-Schnittstelle vom Benutzer bereitgestellte Fehlerbalkenwerte verarbeitet. Erzeuge den Plot mit dem mtcars-Modell erneut und bestätige, dass die bereitgestellten Standardfehler anstelle der standardmäßigen 10-%-Werte dargestellt werden.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- plotly, r
- Bereich
- data-visualization
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 3/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-2 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Anfängerfreundlichkeit
- 38/100