matplotlib / matplotlib/ipympl

key error in jupyter notebook using brainrender

Đang mở
#457 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
1.7k
Fork
234
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Hello,

I am very new to these things thus sorry if I am not giving you enough informations about the issue !

to resume

I am trying to plot the coordinate of a group of cells in a 3D brain by using brainrender with jupyter notebook

I am using an anaconda environnement with the version 3.7.0 of python and the version of my anaconda navigator is 1.9.6.

my scirpt is working until this entry :

#Get a numpy array coordinates of some labelled cells
scene = Scene(title='area_cell') 
MOx = scene.add_brain_region("MO", alpha=0.15)
SSx = scene.add_brain_region("SS", alpha=0.15)
VISx = scene.add_brain_region("VIS", alpha=0.15)
#STRx = scene.add_brain_region("STR", alpha=0.15)

KeyError                                  Traceback (most recent call last)
~\AppData\Local\Temp\ipykernel_16228\2284008602.py in <module>
      1 #Get a numpy array coordinates of some labelled cells
----> 2 scene = Scene(title='area_cell')
      3 MOx = scene.add_brain_region("MO", alpha=0.15)
      4 SSx = scene.add_brain_region("SS", alpha=0.15)
      5 VISx = scene.add_brain_region("VIS", alpha=0.15)

~\Anaconda2\envs\plot3Dbrain\lib\site-packages\brainrender\scene.py in __init__(self, root, atlas_name, inset, title, screenshots_folder, plotter, title_color)
     48             f"Creating scene with parameters: root: {root}, atlas_name: '{atlas_name}'', inset: {inset}, screenshots_folder: {screenshots_folder}"
     49         )
---> 50         JupyterMixIn.__init__(self)
     51 
     52         self.actors = []  # stores all actors in the scene

~\Anaconda2\envs\plot3Dbrain\lib\site-packages\brainrender\_jupyter.py in __init__(self)
     10     def __init__(self):  # pragma: no cover
     11         # keep track if we are in a jupyter notebook
---> 12         if vedo.settings.notebookBackend == "k3d":
     13             self.backend = "k3d"
     14         elif vedo.settings.notebookBackend == "itkwidgets":

~\Anaconda2\envs\plot3Dbrain\lib\site-packages\vedo\utils.py in __getattr__(self, k)
    236 
    237     def __getattr__(self, k):
--> 238         return self[k]
    239 
    240     def __setattr__(self, k, v):

KeyError: 'notebookBackend'

I tried unsuccessfully to understand what was going wrong and to find someonne with the same issue, thus if you have idea it would be great !

also let me know if you need more informations,

Thanks !

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Tái hiện traceback trong thiết lập Anaconda/Jupyter được báo cáo, sau đó kiểm tra brainrender/scene.py và brainrender/_jupyter.py, nơi vedo.settings.notebookBackend được truy cập. Hoàn thành có nghĩa là Scene(...) khởi tạo mà không gặp KeyError đã báo cáo trong đường dẫn notebook, kèm theo kiểm tra hồi quy cho thiết lập này.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
anaconda, jupyter-notebook, python
Lĩnh vực
developer-experience
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức phù hợp với người mới
18/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.