matplotlib / matplotlib/basemap
Bug in contour x/y values filtering in mpl_toolkits/basemap/__init__.py ?
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- 主要言語
- Python
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説明
I have been trying to plot unstructured data with **contour** and **contourf**, using the **tri=True** parameter. It works fine with contourf, but **I get a huge traceback when using contour** on the same data.
```
[...]
File "/home/share/unix_files/cdat/versions/cdat_install_uv-2.1.0_x86_64_gcc4_13/lib/python2.7/site-packages/matplotlib-1.4.0-py2.7-linux-x86_64.egg/matplotlib/tri/triangulation.py", line 55, in __init__
self.triangles, self._neighbors = _qhull.delaunay(x, y)
ValueError: x and y arrays must have a length of at least 3
```
After spending some time in the python debugger, I have found out that indeed the x and y coordinate arrays passed to the triangulation function had a zero size (and therefore less than 3 elements) because they were empty! More digging helped me find a very suspicious way of filtering the x and y values in the contour(self,x,y,data,_args,_*kwargs) function
```
# for unstructured grids, toss out points outside
# projection limb (don't use those points in triangulation).
[...]
mask = np.logical_or(xself.xmax,y>self.xmax)
x = np.compress(mask,x)
y = np.compress(mask,y)
```
Why would y be compared to the values of xmin and xmax instead of ymin and ymax, and is the logical combination ok???
I think we want to keep the values where: **xmin<=x<=xmax AND ymin<=y<=ymax**. And the **mask has to be True where we want to keep the value, in np.compress**! This is a bit misleading because it works in the opposite way that masks work in np.ma ...
The contour function works fine if I replace the mask definition above with
```
mask = np.logical_and(np.logical_and(x>=self.xmin, x<=self.xmax),
np.logical_and(y>=self.ymin, y<=self.ymax))
```
Can somebody review this? And it may be wise to use a slightly less misleading name for the _mask_ variable. Maybe replace _mask_ with _select_xy_ok_?
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
mpl_toolkits/basemap/__init__.py の contour(self, x, y, data, ...) のフィルタリングロジックから始め、入力を matplotlib.tri triangulation traceback と比較します。提案されている座標境界によるフィルタリングを確認し、利用可能であれば既存の contour または contourf テストを実行します。完了の条件は、contour が報告された非構造化データを、空の座標配列を triangulation に渡すことなく処理できることです。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- numpy, python
- 領域
- data-visualization
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- 明確に書かれている
- 初心者へのやさしさ
- 35/100