:py3 command does not work in macvim launching from dock

Describe the bug
:py3 command works correctly in mvim which launches from terminal, but does not work in mvim launching from dock.

To Reproduce
Detailed steps to reproduce the behavior:

1. launch macvim from dock
2. :py3 import subprocess
3. :py3 print( subprocess.Popen('rg ""', shell=True, stdout=subprocess.PIPE).stdout.read() )
4. show nothing

Expected behavior

1. launch macvim from terminal
2. :py3 import subprocess
3. :py3 print( subprocess.Popen('rg ""', shell=True, stdout=subprocess.PIPE).stdout.read() )
4. show the rg output lines

Screenshots
The wrong one:

The correct one:

Environment (please complete the following information):
Vim version:

• OS: [e.g. Ubuntu 18.04, Windows 10 1809, macOS 10.14]
  

Additional context
I installed macvim by brew cask install macvim

まず、報告された rg コマンドを再現手順として使用し、MacVim を Dock から起動した場合とターミナルから起動した場合に、:py3 subprocess 呼び出しで利用可能な環境を比較します。Dock から起動したアプリがターミナルから起動したアプリと同じ rg 出力を生成することを確認したら、完了です。