"ValueError: attempt to reinitialize" error from Repository.update_submodules()

I keep getting:
File "\GitWorkflow.py", line 126, in update_submodules
repo.update_submodules(callbacks=callbacks, init=False)
File "\lib\site-packages\pygit2\repository.py", line 108, in update_submodules
check_error(err)
File "\lib\site-packages\pygit2\errors.py", line 52, in check_error
raise ValueError(message)
ValueError: attempt to reinitialize '{path}'

Seems to be C.GIT_EEXISTS(?)

I am running:
repo.init_submodules()
repo.update_submodules(callbacks=callbacks)

Oddly, the error seems to come only from update_submodules, not init_submodules.
The folder for the submodule in question exists, but it is empty. "git submodule update" works without issue.

Am I doing something wrong?

まず repo.init_submodules() に続けて repo.update_submodules(callbacks=callbacks) を実行してシーケンスを再現し、その後、動作している git submodule update の挙動と比較します。Repository.update_submodules() のエントリポイントと、報告された GitWorkflow.py の呼び出し箇所を確認します。空のサブモジュールディレクトリと再初期化エラーが誤った使い方を示しているのか、それとも pygit2 のバグを示しているのかを特定できれば完了です。