'Failed to create commit: current tip is not the first parent' for basic commit

I am trying to do something relatively simple which is just add and commit file changes to an existing repository as i would through the command line. The one complicating caveat is i am calling the code to do this from inside a submodule, however everything seems to be okay until the commit part.

In the folder above the code/submodule folder i have another which is the main git repo and which also has a folder of data i wish to monitor and commit changes of.

The code is

data_repo = pygit2.Repository('../')

index = data_repo.index
index.add_all(pathspecs=["tables/"]) # Because of the data repo path we are already in that repo local path so all paths relative to that
index.write()
tree = index.write_tree()
modified_tables = [ x for x in data_repo.status().keys() if 'tables' in x]

author = pygit2.Signature('Alice Author', 'alice@authors.tld')
committer = pygit2.Signature('GitRateWatcher', 'me@internet.com')
msg  = f"GitRateWatcher commit on {datetime.datetime.today().date()} modified tables: {', '.join(modified_tables)}"
oid = data_repo.create_commit('refs/heads/master', author, committer, msg, tree, [] )
data_repo.head.set_target(oid)

However when I try this i get

_pygit2.GitError: failed to create commit: current tip is not the first parent

if i remove the 'refs/heads/master' part it works but it basically does a rebase and wipes all previous stuff which is no good either. What am I missing?

Bắt đầu với lệnh gọi data_repo.create_commit được hiển thị và target refs/heads/master, sau đó kiểm tra mối quan hệ giữa danh sách parent của nó với tip hiện tại của repository. Tái tạo bố cục submodule và parent repository trong issue, đồng thời xác minh rằng một commit mới giữ nguyên lịch sử hiện có thay vì rebase lịch sử đó. Được xem là hoàn tất khi commit thành công mà vẫn giữ lại lịch sử trước đó của branch.