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HenriquesLab

索引済みのリポジトリ 6 件 · GitHub で見る

ZeroCostDL4Mic
ZeroCostDL4Mic: A Google Colab based no-cost toolbox to explore Deep-Learning in Microscopy

Jupyter Notebook · スター 652 個
NanoPyx
Nanoscopy library for Python (NanoPyx, the successor to NanoJ) - focused on light microscopy and super-resolution imaging

Jupyter Notebook · スター 93 個
DL4MicEverywhere
Bringing the ZeroCostDL4Mic experience running everywhere via easy-to-install docker images

Jupyter Notebook · スター 87 個
rxiv-maker
Rxiv-Maker is a GitHub-native framework that converts markdown into a publication-ready PDF. It automates scientific preprint generation ...

Python · スター 40 個
EZInput
EZInput is a Python library that simplifies the creation of graphical user interfaces (GUIs) both in the terminal and in Jupyter notebook...

Python · スター 4 個
VLab4Mic

Python · スター 3 個

初心者向けすべて

オープンすべて

eature request: automatically continue long figure legends on the next page オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 38/100

HenriquesLab/rxiv-maker#324 · コメント 1 件 · 2026年8月11日に作成
random_seed not propagated to randomise_axial_position (dormant reproducibility gap) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

HenriquesLab/VLab4Mic#135 · 2026年6月9日に作成
Major Issues with nanopyx.methods.esrrf.parameter_sweep オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

HenriquesLab/NanoPyx#153 · コメント 2 件 · 2026年6月8日に作成
Unable to Implement Workflow Class due to functions lacking attribute '_run_types' オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

HenriquesLab/NanoPyx#152 · コメント 2 件 · 2026年6月4日に作成
Differences from magicgui? オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

HenriquesLab/EZInput#8 · コメント 2 件 · 2026年3月17日に作成
Was the registration operation used when calculate error_map ? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

HenriquesLab/NanoPyx#150 · コメント 4 件 · 2026年1月14日に作成
Change modality parameter pixelsize_nm to take float オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

HenriquesLab/VLab4Mic#97 · 2025年12月3日に作成
Modality pixelsize_nm must be divisible by psf_voxel_nm オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

HenriquesLab/VLab4Mic#96 · 2025年12月3日に作成
Yolov2 notebook unable to run in Docker environment オープン

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#59 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年10月1日に作成
pix2pix_ZeroCostDL4Mic - Errors when launching from CLI オープン

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#58 · 担当者 1 名 · 2025年9月26日に作成
VS Code Integration Tutorials オープン

documentation enhancement good first issue help wanted

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/rxiv-maker#169 · コメント 1 件 · 2025年9月26日に作成
BioImage Model Zoo model doesn't export オープン

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#57 · 担当者 1 名 · 2025年8月18日に作成
Quality Control notebook Install dependencies error オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 32/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#351 · 2025年8月12日に作成
Deep-STORM_2D_ZeroCostDL4Mic オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#350 · 2025年7月18日に作成
ImportError: numpy.core.multiarray failed to import` / `AttributeError: _ARRAY_API not found` when importing stardist オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#348 · コメント 1 件 · 2025年6月4日に作成
StarDist_2D Load key dependencies issue オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#347 · コメント 1 件 · 2025年4月30日に作成
ImportError: multi.core.array failed to import オープン

dependencies

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#346 · コメント 2 件 · 2025年3月31日に作成
UNET 3D,old model can not use in new version オープン

dependencies

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#345 · コメント 1 件 · 2025年3月28日に作成
ImportError: `imsave` Removed from `tifffile` – Update Notebook to Use `imwrite` オープン

dependencies

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#343 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年3月5日に作成
DEEPSTORM GOOGLE COLAB - issue with training the model オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#342 · 2025年2月11日に作成
StarDist2D path issue: models are not stored in the user defined location オープン

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#340 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2025年1月27日に作成
StarDist_3D_ZeroCostDL4Mic notebook issue installing dependencies オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#337 · コメント 1 件 · 2024年11月8日に作成
UNET-3D notebook - very slow training, performance bottleneck ? オープン

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#55 · 担当者 1 名 · 2024年10月31日に作成
Splinedist failing to install dependencies オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#328 · 2024年9月24日に作成
StarDist_2D_ZeroCostDL4Mic.ipynb ImportError: cannot import name 'load_resource_description' from 'bioimageio.core' オープン

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#54 · 担当者 1 名 · 2024年9月2日に作成
Error in U-Net_2D_Multilabel_ZeroCostDL4Mic.ipynb: IndexError: list index out of range オープン

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#52 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2024年8月26日に作成
Failed to train UNET オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#324 · コメント 7 件 · 2024年8月26日に作成
ValueError: could not broadcast input array from shape (256,256,3) into shape (256,256) オープン

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#50 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2024年8月23日に作成
fnet_3D | Failed to build scikit-learn オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#323 · 2024年8月9日に作成
Cellpose - two models not found オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#321 · コメント 1 件 · 2024年7月29日に作成
Install on HPC Cluster with Singularity オープン

enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#47 · 担当者 1 名 · 2024年6月19日に作成
Remote connection to servers with WIndows OS オープン

enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#44 · コメント 13 件 · 担当者 2 名 · 2024年5月29日に作成
Single file executables オープン

bug enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#43 · 担当者 2 名 · 2024年5月20日に作成
issue with stardist2D prediction progresss オープン

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#318 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2024年4月16日に作成
Where to find the requirement file to create a local env オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#316 · コメント 1 件 · 2024年4月8日に作成
Cellpose 2 - Evaluate your model and generate predictions issues オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#314 · 2024年3月31日に作成
Issue saving simulated data in Deep-STORM notebook. オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#311 · 2024年2月23日に作成
error in window 10 オープン

help wanted question

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#32 · コメント 3 件 · 担当者 1 名 · 2024年2月6日に作成
Rootless installation and running オープン

enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#31 · 担当者 1 名 · 2024年1月24日に作成
EmpedSeg: requested version for torch and torchvision not found, with different versions type error while training オープン

bug dependencies

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#306 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2024年1月17日に作成
python versions constructor vs container dependencies オープン

enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#23 · コメント 1 件 · 担当者 3 名 · 2023年11月17日に作成
3D unet: Problem with Section 5.4, cannot download model as bioImage オープン

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#288 · コメント 8 件 · 担当者 1 名 · 2023年8月29日に作成
ModuleNotFoundError: No module named 'splinegenerator' オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#273 · コメント 3 件 · 2023年6月5日に作成
[Feature] Full notebook CI testing オープン

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#271 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2023年6月2日に作成
Unable to use the TF_SavedModel in Stardist 2D plugin in Fiji オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#269 · コメント 2 件 · 2023年6月2日に作成
2D Stardist keeps crashing when Generating prediction(s) from unseen dataset オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#265 · コメント 1 件 · 2023年5月4日に作成
Stardist 2D prediction error output , 1000*1000 with 16bit オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#257 · コメント 1 件 · 2023年4月1日に作成
Error in 1.3. Load key dependencies StarDist_2D オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#249 · コメント 10 件 · 2023年3月14日に作成
YOLOv2 section 1.3 tensorflow オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#246 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2023年2月27日に作成
Stardist error message when running multiple images in google drive オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#237 · コメント 1 件 · 2023年2月2日に作成

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