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ZeroCostDL4Mic
ZeroCostDL4Mic: A Google Colab based no-cost toolbox to explore Deep-Learning in Microscopy

Jupyter Notebook · 652 estrellas
NanoPyx
Nanoscopy library for Python (NanoPyx, the successor to NanoJ) - focused on light microscopy and super-resolution imaging

Jupyter Notebook · 93 estrellas
DL4MicEverywhere
Bringing the ZeroCostDL4Mic experience running everywhere via easy-to-install docker images

Jupyter Notebook · 87 estrellas
rxiv-maker
Rxiv-Maker is a GitHub-native framework that converts markdown into a publication-ready PDF. It automates scientific preprint generation ...

Python · 40 estrellas
EZInput
EZInput is a Python library that simplifies the creation of graphical user interfaces (GUIs) both in the terminal and in Jupyter notebook...

Python · 4 estrellas
VLab4Mic

Python · 3 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

eature request: automatically continue long figure legends on the next page Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

HenriquesLab/rxiv-maker#324 · 1 comentario · Abierto el 11/8/2026
random_seed not propagated to randomise_axial_position (dormant reproducibility gap) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

HenriquesLab/VLab4Mic#135 · Abierto el 9/6/2026
Major Issues with nanopyx.methods.esrrf.parameter_sweep Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

HenriquesLab/NanoPyx#153 · 2 comentarios · Abierto el 8/6/2026
Unable to Implement Workflow Class due to functions lacking attribute '_run_types' Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

HenriquesLab/NanoPyx#152 · 2 comentarios · Abierto el 4/6/2026
Differences from magicgui? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

HenriquesLab/EZInput#8 · 2 comentarios · Abierto el 17/3/2026
Was the registration operation used when calculate error_map ? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

HenriquesLab/NanoPyx#150 · 4 comentarios · Abierto el 14/1/2026
Change modality parameter pixelsize_nm to take float Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

HenriquesLab/VLab4Mic#97 · Abierto el 3/12/2025
Modality pixelsize_nm must be divisible by psf_voxel_nm Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

HenriquesLab/VLab4Mic#96 · Abierto el 3/12/2025
Yolov2 notebook unable to run in Docker environment Abierto

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#59 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 1/10/2025
pix2pix_ZeroCostDL4Mic - Errors when launching from CLI Abierto

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#58 · 1 asignado · Abierto el 26/9/2025
VS Code Integration Tutorials Abierto

documentation enhancement good first issue help wanted

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/rxiv-maker#169 · 1 comentario · Abierto el 26/9/2025
BioImage Model Zoo model doesn't export Abierto

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#57 · 1 asignado · Abierto el 18/8/2025
Quality Control notebook Install dependencies error Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 32/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#351 · Abierto el 12/8/2025
Deep-STORM_2D_ZeroCostDL4Mic Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#350 · Abierto el 18/7/2025
ImportError: numpy.core.multiarray failed to import` / `AttributeError: _ARRAY_API not found` when importing stardist Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#348 · 1 comentario · Abierto el 4/6/2025
StarDist_2D Load key dependencies issue Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#347 · 1 comentario · Abierto el 30/4/2025
ImportError: multi.core.array failed to import Abierto

dependencies

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#346 · 2 comentarios · Abierto el 31/3/2025
UNET 3D,old model can not use in new version Abierto

dependencies

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#345 · 1 comentario · Abierto el 28/3/2025
ImportError: `imsave` Removed from `tifffile` – Update Notebook to Use `imwrite` Abierto

dependencies

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#343 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 5/3/2025
DEEPSTORM GOOGLE COLAB - issue with training the model Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#342 · Abierto el 11/2/2025
StarDist2D path issue: models are not stored in the user defined location Abierto

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#340 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 27/1/2025
StarDist_3D_ZeroCostDL4Mic notebook issue installing dependencies Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#337 · 1 comentario · Abierto el 8/11/2024
UNET-3D notebook - very slow training, performance bottleneck ? Abierto

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#55 · 1 asignado · Abierto el 31/10/2024
Splinedist failing to install dependencies Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#328 · Abierto el 24/9/2024
StarDist_2D_ZeroCostDL4Mic.ipynb ImportError: cannot import name 'load_resource_description' from 'bioimageio.core' Abierto

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#54 · 1 asignado · Abierto el 2/9/2024
Error in U-Net_2D_Multilabel_ZeroCostDL4Mic.ipynb: IndexError: list index out of range Abierto

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#52 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 26/8/2024
Failed to train UNET Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#324 · 7 comentarios · Abierto el 26/8/2024
ValueError: could not broadcast input array from shape (256,256,3) into shape (256,256) Abierto

bug

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#50 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 23/8/2024
fnet_3D | Failed to build scikit-learn Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#323 · Abierto el 9/8/2024
Cellpose - two models not found Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#321 · 1 comentario · Abierto el 29/7/2024
Install on HPC Cluster with Singularity Abierto

enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#47 · 1 asignado · Abierto el 19/6/2024
Remote connection to servers with WIndows OS Abierto

enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#44 · 13 comentarios · 2 asignados · Abierto el 29/5/2024
Single file executables Abierto

bug enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#43 · 2 asignados · Abierto el 20/5/2024
issue with stardist2D prediction progresss Abierto

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#318 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 16/4/2024
Where to find the requirement file to create a local env Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#316 · 1 comentario · Abierto el 8/4/2024
Cellpose 2 - Evaluate your model and generate predictions issues Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#314 · Abierto el 31/3/2024
Issue saving simulated data in Deep-STORM notebook. Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#311 · Abierto el 23/2/2024
error in window 10 Abierto

help wanted question

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#32 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 6/2/2024
Rootless installation and running Abierto

enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#31 · 1 asignado · Abierto el 24/1/2024
EmpedSeg: requested version for torch and torchvision not found, with different versions type error while training Abierto

bug dependencies

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#306 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 17/1/2024
python versions constructor vs container dependencies Abierto

enhancement

HenriquesLab/DL4MicEverywhere#23 · 1 comentario · 3 asignados · Abierto el 17/11/2023
3D unet: Problem with Section 5.4, cannot download model as bioImage Abierto

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#288 · 8 comentarios · 1 asignado · Abierto el 29/8/2023
ModuleNotFoundError: No module named 'splinegenerator' Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#273 · 3 comentarios · Abierto el 5/6/2023
[Feature] Full notebook CI testing Abierto

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#271 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 2/6/2023
Unable to use the TF_SavedModel in Stardist 2D plugin in Fiji Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#269 · 2 comentarios · Abierto el 2/6/2023
2D Stardist keeps crashing when Generating prediction(s) from unseen dataset Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#265 · 1 comentario · Abierto el 4/5/2023
Stardist 2D prediction error output , 1000*1000 with 16bit Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#257 · 1 comentario · Abierto el 1/4/2023
Error in 1.3. Load key dependencies StarDist_2D Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#249 · 10 comentarios · Abierto el 14/3/2023
YOLOv2 section 1.3 tensorflow Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#246 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 27/2/2023
Stardist error message when running multiple images in google drive Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

HenriquesLab/ZeroCostDL4Mic#237 · 1 comentario · Abierto el 2/2/2023

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