Proprietario

VEuPathDB

43 repository indicizzati · Vedi su GitHub

ApiCommonWebsite

Perl · 3 stelle
EbrcWebsiteCommon

Perl · 3 stelle
web-monorepo
A monorepo that contains all frontend code for VEuPathDB websites

TypeScript · 3 stelle
MicrobiomeWebsite

R · 2 stelle
ClinEpiWebsite

CSS · 2 stelle
plot.data

R · 1 stella
ClinEpiModel

Java · 1 stella
EbrcModelCommon

Java · 1 stella
repeat-masker-nextflow
nextflow workflow to modernize current repeatMasker workflow steps

Perl · 1 stella
dnaseq-nextflow
DNASeq Alignments with SNP and CNV nextflow workflow

Julia · 1 stella
ApiCommonModel

Perl · 1 stella
lib-compute-platform
Async compute platform core.

Kotlin · 1 stella
WDK

Java · 1 stella
SiteSearchData
WDK Model and other code needed to run a WDK and generate reports to make JSON files to index in solr

Python · 1 stella
ApiCommonWorkflow

Perl · 1 stella
jenkins-website-job-generator
Generate Jenkins job configurations for EuPathDB core sites using the job-dsl plugin

Groovy · 1 stella
veupathUtils
A collection of general purpose R helper functions for use in the VEuPathDB project.

R · 0 stelle
Rserve

Dockerfile · 0 stelle
VdiSchema
SQL and scripts to install the VDI control and dataset schemas

Perl · 0 stelle
lib-eda-subsetting
Provides Java interface to query and provide EDA data and metadata from a database

Java · 0 stelle
23 altri repository si trovano su Vedi su GitHub

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Add new improved strain calling algorithm to plasmoFAST Aperta

VEuPathDB/web-monorepo#1887 · 1 assegnatario · Aperta il 19/9/2026
Make genomics project dependency lists data-driven instead of hand-copied Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/ApiCommonWorkflow#107 · Aperta il 14/9/2026
MCP admission lane failed Aperta

mcp-conformance

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

VEuPathDB/pathfinder-app#2 · Aperta il 12/9/2026
Move regular dependency `diff` to devDependencies in genomics package.json Aperta

bug technical debt

VEuPathDB/web-monorepo#1880 · 1 assegnatario · Aperta il 7/9/2026
Bug: new Genetic Variation gene page sections don't expand/collapse properly Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

VEuPathDB/web-monorepo#1878 · Aperta il 7/9/2026
WDK nightly lane failed Aperta

wdk-drift

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100

VEuPathDB/pathfinder-app#1 · 3 commenti · Aperta il 7/9/2026
Replace `experimentalOrganism` individual object field with organism details list field. Aperta

internals rest api

VEuPathDB/vdi-service#717 · 1 assegnatario · Aperta il 4/9/2026
Apollo release: emit update commands only where Apollo's stored fields differ Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 76/100

VEuPathDB/ApiCommonModel#229 · Aperta il 26/8/2026
"All" pathway semantics behave as "any": HAVING compares a per-gene group count to a total row count Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

VEuPathDB/ApiCommonModel#228 · Aperta il 25/8/2026
Apollo release: updateCommand does not refresh commonName on an annotation-version bump Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

VEuPathDB/ApiCommonModel#225 · Aperta il 24/8/2026
Minor: Organism Presets layout is skewy in Revise Step modal Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1866 · Aperta il 24/8/2026
DE notebook - timepoint overlay is discrete, grouping is continuous and binned Aperta

bug

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

VEuPathDB/web-monorepo#1865 · Aperta il 21/8/2026
Make EDA service human and agent-friendly through discoverability Aperta

enhancement

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/service-eda#169 · 1 commento · Aperta il 20/8/2026
Switch Variant WDK elements from includeProjects to excludeProjects Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

VEuPathDB/ApiCommonModel#221 · Aperta il 17/8/2026
Minor: browser tab title should not be default 'project' when opening `user-comments/ai-gene-publication/add` in a new tab Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1853 · Aperta il 17/8/2026
Revisit EdaDatasetGraph outputEntity handling Aperta

technical debt

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1851 · Aperta il 13/8/2026
in a component site the installer should ignore genes that belong to other projects. Aperta

VEuPathDB/vdi-plugin-genelist#64 · 1 assegnatario · Aperta il 12/8/2026
rnaseqrc is ignoring the reference genome. Aperta

bug

VEuPathDB/vdi-plugin-wrangler#93 · 1 assegnatario · Aperta il 11/8/2026
WGCNA search - don't show modules irrelevant to the site Aperta

bug

VEuPathDB/web-monorepo#1844 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 11/8/2026
user-datasets depends on jquery without declaring it Aperta

technical debt

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

VEuPathDB/web-monorepo#1840 · Aperta il 8/8/2026
user-datasets: polling does not abort in-flight requests on teardown Aperta

technical debt

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 58/100

VEuPathDB/web-monorepo#1839 · Aperta il 8/8/2026
mergeExperiments output is not reproducible across runs (CANN slot order, avg_percent rounding) Aperta

bug

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

VEuPathDB/dnaseq-nextflow#27 · Aperta il 3/8/2026
CANN: reference-allele slot of a multiallelic record can inherit r0, reporting the reference amino acid for a strain whose product is unknown Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

VEuPathDB/dnaseq-nextflow#26 · Aperta il 31/7/2026
MapVEu - supporting plots OutputEntityCount has no count Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

VEuPathDB/web-monorepo#1831 · Aperta il 31/7/2026
MapVEu supporting plots - boxplot allows longitude erroneously as x-axis variable Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

VEuPathDB/web-monorepo#1830 · Aperta il 31/7/2026
Plugin ignores `type.version` from `vdi-meta.json` Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/vdi-plugin-wrangler#89 · Aperta il 29/7/2026
AI-assisted gene comments - minor tweaks list Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

VEuPathDB/ApiCommonWebsite#306 · Aperta il 23/7/2026
dataExplorer: Update Metadata -> immediately close shouldn't trigger a page update Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 67/100

VEuPathDB/web-monorepo#1814 · Aperta il 22/7/2026
dataExplorer Datasets menu can be empty when My Datasets is collapsed by default? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

VEuPathDB/web-monorepo#1813 · 1 commento · Aperta il 22/7/2026
Fix long-broken `updateMarkers`/`geohash` animation tests in `@veupathdb/components` Aperta

technical debt

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

VEuPathDB/web-monorepo#1804 · Aperta il 16/7/2026
`entity_from_file` should handle completely empty lines in the input file Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

VEuPathDB/study-wrangler#88 · Aperta il 15/7/2026
formatting issue with certain characters in the attributes file Aperta

bug

VEuPathDB/web-monorepo#1794 · 1 assegnatario · Aperta il 9/7/2026
Figure out EDA-based downloads Aperta

bug

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1785 · Aperta il 8/7/2026
OrthoMCL: phyletic search taxonomic tree does not highlight with the current search when revising Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

VEuPathDB/web-monorepo#1781 · Aperta il 8/7/2026
Add EDA validation to forbid integer categorical variables Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/study-wrangler#82 · Aperta il 17/6/2026
Error handling or fix it: after a site rebuild i am a guest and my user datasets page throws an error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1759 · 3 commenti · Aperta il 12/6/2026
Error handling: make a meaningful one: when a guest or diff user tries to access a user dataset from other Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1758 · Aperta il 12/6/2026
Create public dataset validation JSON schema for genomics. Aperta

admin

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

VEuPathDB/vdi-service#678 · Aperta il 10/6/2026
User Dataset Upload Form: malformed help link Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100

VEuPathDB/web-monorepo#1734 · 1 commento · Aperta il 4/6/2026
User dataset upload form (and beyond): tame the red in the user-datasets upload form Aperta

enhancement

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

VEuPathDB/web-monorepo#1729 · Aperta il 3/6/2026
dataset properties install lane Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

VEuPathDB/vdi-service#668 · Aperta il 29/5/2026
Gene-publication AI-assisted user-comments phase 1b and 2 improvements Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1686 · Aperta il 13/5/2026
gene page Transcript Expression table Proposal: don't open the first item automatically Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

VEuPathDB/web-monorepo#1684 · 1 commento · Aperta il 12/5/2026
Notebook subsetting table filter <Enter> press submits form/reloads page Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 64/100

VEuPathDB/web-monorepo#1681 · Aperta il 11/5/2026
Strategy step revise: (Rapidly) pressing <enter> in strategy revise numeric boxes submits form with pre-edited value Aperta

bug

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1680 · Aperta il 8/5/2026
processSequenceVariations.jl: VCF cache output should retain multi-allelic records Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

VEuPathDB/dnaseq-nextflow#10 · Aperta il 6/5/2026
Check binWidth calculations on single-value columns and fix if needed Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

VEuPathDB/study-wrangler#76 · Aperta il 28/4/2026
Map suitability detection for EDA studies should check that there are actually lat/long values, via metadata only: Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

VEuPathDB/web-monorepo#1677 · 1 commento · Aperta il 28/4/2026
Cleanup: A slew of console errors and warnings! Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 52/100

VEuPathDB/web-monorepo#1672 · 1 commento · Aperta il 21/4/2026
Add app db CRUD operations for datasetSources values. Aperta

app db internals

VEuPathDB/vdi-service#641 · 1 assegnatario · Aperta il 15/4/2026

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