Propietario

VEuPathDB

43 repositorios indexados · Ver en GitHub

ApiCommonWebsite

Perl · 3 estrellas
EbrcWebsiteCommon

Perl · 3 estrellas
web-monorepo
A monorepo that contains all frontend code for VEuPathDB websites

TypeScript · 3 estrellas
MicrobiomeWebsite

R · 2 estrellas
ClinEpiWebsite

CSS · 2 estrellas
plot.data

R · 1 estrella
ClinEpiModel

Java · 1 estrella
EbrcModelCommon

Java · 1 estrella
repeat-masker-nextflow
nextflow workflow to modernize current repeatMasker workflow steps

Perl · 1 estrella
dnaseq-nextflow
DNASeq Alignments with SNP and CNV nextflow workflow

Julia · 1 estrella
ApiCommonModel

Perl · 1 estrella
lib-compute-platform
Async compute platform core.

Kotlin · 1 estrella
WDK

Java · 1 estrella
SiteSearchData
WDK Model and other code needed to run a WDK and generate reports to make JSON files to index in solr

Python · 1 estrella
ApiCommonWorkflow

Perl · 1 estrella
jenkins-website-job-generator
Generate Jenkins job configurations for EuPathDB core sites using the job-dsl plugin

Groovy · 1 estrella
veupathUtils
A collection of general purpose R helper functions for use in the VEuPathDB project.

R · 0 estrellas
Rserve

Dockerfile · 0 estrellas
VdiSchema
SQL and scripts to install the VDI control and dataset schemas

Perl · 0 estrellas
lib-eda-subsetting
Provides Java interface to query and provide EDA data and metadata from a database

Java · 0 estrellas
23 repositorios más están en Ver en GitHub

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Add new improved strain calling algorithm to plasmoFAST Abierto

VEuPathDB/web-monorepo#1887 · 1 asignado · Abierto el 19/9/2026
Make genomics project dependency lists data-driven instead of hand-copied Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/ApiCommonWorkflow#107 · Abierto el 14/9/2026
MCP admission lane failed Abierto

mcp-conformance

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

VEuPathDB/pathfinder-app#2 · Abierto el 12/9/2026
Move regular dependency `diff` to devDependencies in genomics package.json Abierto

bug technical debt

VEuPathDB/web-monorepo#1880 · 1 asignado · Abierto el 7/9/2026
Bug: new Genetic Variation gene page sections don't expand/collapse properly Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

VEuPathDB/web-monorepo#1878 · Abierto el 7/9/2026
WDK nightly lane failed Abierto

wdk-drift

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

VEuPathDB/pathfinder-app#1 · 3 comentarios · Abierto el 7/9/2026
Replace `experimentalOrganism` individual object field with organism details list field. Abierto

internals rest api

VEuPathDB/vdi-service#717 · 1 asignado · Abierto el 4/9/2026
Apollo release: emit update commands only where Apollo's stored fields differ Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 76/100

VEuPathDB/ApiCommonModel#229 · Abierto el 26/8/2026
"All" pathway semantics behave as "any": HAVING compares a per-gene group count to a total row count Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

VEuPathDB/ApiCommonModel#228 · Abierto el 25/8/2026
Apollo release: updateCommand does not refresh commonName on an annotation-version bump Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

VEuPathDB/ApiCommonModel#225 · Abierto el 24/8/2026
Minor: Organism Presets layout is skewy in Revise Step modal Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1866 · Abierto el 24/8/2026
DE notebook - timepoint overlay is discrete, grouping is continuous and binned Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

VEuPathDB/web-monorepo#1865 · Abierto el 21/8/2026
Make EDA service human and agent-friendly through discoverability Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/service-eda#169 · 1 comentario · Abierto el 20/8/2026
Switch Variant WDK elements from includeProjects to excludeProjects Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

VEuPathDB/ApiCommonModel#221 · Abierto el 17/8/2026
Minor: browser tab title should not be default 'project' when opening `user-comments/ai-gene-publication/add` in a new tab Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1853 · Abierto el 17/8/2026
Revisit EdaDatasetGraph outputEntity handling Abierto

technical debt

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1851 · Abierto el 13/8/2026
in a component site the installer should ignore genes that belong to other projects. Abierto

VEuPathDB/vdi-plugin-genelist#64 · 1 asignado · Abierto el 12/8/2026
rnaseqrc is ignoring the reference genome. Abierto

bug

VEuPathDB/vdi-plugin-wrangler#93 · 1 asignado · Abierto el 11/8/2026
WGCNA search - don't show modules irrelevant to the site Abierto

bug

VEuPathDB/web-monorepo#1844 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 11/8/2026
user-datasets depends on jquery without declaring it Abierto

technical debt

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

VEuPathDB/web-monorepo#1840 · Abierto el 8/8/2026
user-datasets: polling does not abort in-flight requests on teardown Abierto

technical debt

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

VEuPathDB/web-monorepo#1839 · Abierto el 8/8/2026
mergeExperiments output is not reproducible across runs (CANN slot order, avg_percent rounding) Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

VEuPathDB/dnaseq-nextflow#27 · Abierto el 3/8/2026
CANN: reference-allele slot of a multiallelic record can inherit r0, reporting the reference amino acid for a strain whose product is unknown Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

VEuPathDB/dnaseq-nextflow#26 · Abierto el 31/7/2026
MapVEu - supporting plots OutputEntityCount has no count Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

VEuPathDB/web-monorepo#1831 · Abierto el 31/7/2026
MapVEu supporting plots - boxplot allows longitude erroneously as x-axis variable Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

VEuPathDB/web-monorepo#1830 · Abierto el 31/7/2026
Plugin ignores `type.version` from `vdi-meta.json` Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/vdi-plugin-wrangler#89 · Abierto el 29/7/2026
AI-assisted gene comments - minor tweaks list Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

VEuPathDB/ApiCommonWebsite#306 · Abierto el 23/7/2026
dataExplorer: Update Metadata -> immediately close shouldn't trigger a page update Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 67/100

VEuPathDB/web-monorepo#1814 · Abierto el 22/7/2026
dataExplorer Datasets menu can be empty when My Datasets is collapsed by default? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

VEuPathDB/web-monorepo#1813 · 1 comentario · Abierto el 22/7/2026
Fix long-broken `updateMarkers`/`geohash` animation tests in `@veupathdb/components` Abierto

technical debt

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

VEuPathDB/web-monorepo#1804 · Abierto el 16/7/2026
`entity_from_file` should handle completely empty lines in the input file Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

VEuPathDB/study-wrangler#88 · Abierto el 15/7/2026
formatting issue with certain characters in the attributes file Abierto

bug

VEuPathDB/web-monorepo#1794 · 1 asignado · Abierto el 9/7/2026
Figure out EDA-based downloads Abierto

bug

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1785 · Abierto el 8/7/2026
OrthoMCL: phyletic search taxonomic tree does not highlight with the current search when revising Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

VEuPathDB/web-monorepo#1781 · Abierto el 8/7/2026
Add EDA validation to forbid integer categorical variables Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/study-wrangler#82 · Abierto el 17/6/2026
Error handling or fix it: after a site rebuild i am a guest and my user datasets page throws an error Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1759 · 3 comentarios · Abierto el 12/6/2026
Error handling: make a meaningful one: when a guest or diff user tries to access a user dataset from other Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1758 · Abierto el 12/6/2026
Create public dataset validation JSON schema for genomics. Abierto

admin

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

VEuPathDB/vdi-service#678 · Abierto el 10/6/2026
User Dataset Upload Form: malformed help link Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

VEuPathDB/web-monorepo#1734 · 1 comentario · Abierto el 4/6/2026
User dataset upload form (and beyond): tame the red in the user-datasets upload form Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

VEuPathDB/web-monorepo#1729 · Abierto el 3/6/2026
dataset properties install lane Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

VEuPathDB/vdi-service#668 · Abierto el 29/5/2026
Gene-publication AI-assisted user-comments phase 1b and 2 improvements Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1686 · Abierto el 13/5/2026
gene page Transcript Expression table Proposal: don't open the first item automatically Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

VEuPathDB/web-monorepo#1684 · 1 comentario · Abierto el 12/5/2026
Notebook subsetting table filter <Enter> press submits form/reloads page Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 64/100

VEuPathDB/web-monorepo#1681 · Abierto el 11/5/2026
Strategy step revise: (Rapidly) pressing <enter> in strategy revise numeric boxes submits form with pre-edited value Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

VEuPathDB/web-monorepo#1680 · Abierto el 8/5/2026
processSequenceVariations.jl: VCF cache output should retain multi-allelic records Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

VEuPathDB/dnaseq-nextflow#10 · Abierto el 6/5/2026
Check binWidth calculations on single-value columns and fix if needed Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

VEuPathDB/study-wrangler#76 · Abierto el 28/4/2026
Map suitability detection for EDA studies should check that there are actually lat/long values, via metadata only: Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

VEuPathDB/web-monorepo#1677 · 1 comentario · Abierto el 28/4/2026
Cleanup: A slew of console errors and warnings! Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 52/100

VEuPathDB/web-monorepo#1672 · 1 comentario · Abierto el 21/4/2026
Add app db CRUD operations for datasetSources values. Abierto

app db internals

VEuPathDB/vdi-service#641 · 1 asignado · Abierto el 15/4/2026

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