Accessing a file in a subfolder on PhysioNet using pn_dir

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
backend

Direzione di ricerca

Inizia da wfdb.rdrecord e segui come record e pn_dir vengono combinati per i download da PhysioNet. Riproduci entrambi gli esempi che falliscono, poi leggi la PR #346, ancora parzialmente completata, sull’approccio esistente per l’analisi dei percorsi. Il lavoro è completato quando i record MIMIC-IV-ECG annidati vengono risolti senza richiedere un segmento files non intuitivo, con una copertura di regressione per i percorsi mostrati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I'm using wfdb 4.1.2, and when I try to run this code it fails with a 404:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('p1003/p10030753/s40735970/40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg')

NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/40735970.hea

Looks like this relates to hacky path parsing which there is an open (semi-complete) PR for (#346).

I also tried:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970')

NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970/40735970.hea

So I played with the path, and this ends up working:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/files/p1003/p10030753/s40735970')

Seems a bit unintuitive to me that you have to put files in there, am I doing something wrong?

Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
853
Fork
322
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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