intermine / intermine/intermine-ws-python

Merge intermine-bio package into intermine-ws-python package

Đang mở
#12 13 bình luận 0 reaction 1 người được giao Được @mbasil09 nhận Xem trên GitHub
enhancement hacktoberfest
Ngôn ngữ chính
Python
Star
8
Fork
35
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

We have an `intermine-bio package`. Why?

https://github.com/intermine/intermine-ws-bio-python

I don't see a utility in keeping these separate. Just making another dependency. (@justinccdev may disagree?).

Let's merge the functionality into the main intermine package and delete this repo.

What does the bio package do? Here are the docs:

```
# Get all sequences for proteins on "h", "r", "eve", "bib" and "zen":

from intermine.webservice import Service
from interminebio import SequenceQuery

s = Service("www.flymine.org/query")
q = SequenceQuery(s, "Gene")

syms = ["h", "r", "eve", "bib", "zen"]

print q.select_sequence("proteins").where(s.model.Gene.symbol == syms).fasta()

# Process the locations of these genes one at a time:

for line in q.select_sequence("Gene").where(s.model.Gene.symbol == syms).bed():
process(line)

```

Here are the end points it uses:

```
query/fasta
query/gff
query/ned
```

* region search (already available in main client?)

```
LIST_PATH = "/regions/list"
BED_PATH = "/regions/bed"
FASTA_PATH = "/regions/fasta"
GFF3_PATH = "/regions/gff3"
```

TODO

1. copy over init and iterators files
2. rename them something bio specific (I think we want a bio directory?)
3. write tutorial
4. test!

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.