higlass / higlass/higlass-python

Sample .mcool file could not be identified by cooler

Đang mở
#182 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
66
Fork
11
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

In the [Tutorial Page](https://docs.higlass.io/tutorial.html), Sample data is recommend as
```
wget https://pkerp.s3.amazonaws.com/public/dixon2012-h1hesc-hindiii-allreps-filtered.1000kb.multires.cool -O /tmp/sample.mcool
```
However, the cool file you provided cannot be identified using cooler(version 0.9.3):
```
cooler info ./Higlass/dixon2012-h1hesc-hindiii-allreps-filtered.mcool
# KeyError: 'No cooler found at: ./Higlass/dixon2012-h1hesc-hindiii-allreps-filtered.mcool
```
I found this problem because my own mcool file doesn't recognize properly when I'm using higlass-python, it occurred:
```
[envs/higlass-python/lib/python3.13/site-packages/clodius/tiles/cooler.py:498](http://10.1.176.244:8890/envs/higlass-python/lib/python3.13/site-packages/clodius/tiles/cooler.py#line=497): RuntimeWarning: overflow encountered in scalar add
genome_length = int(sum(f["resolutions"][resolution]["chroms"]["length"]))
```
however, it works fine with the sample files you provided, which means that our higlass seems to be working properly, and the discrepancy appears in the mcool format file. The mcool files I used can be recognized by cooler as follows:
```
cooler info GSM4604282_546.iced.mcool::/resolutions/10000
{
"bin-size": 10000,
"bin-type": "fixed",
"creation-date": "2019-10-09T09:10:47.186556",
"format": "HDF5::Cooler",
"format-url": "https://github.com/mirnylab/cooler",
"format-version": 3,
"generated-by": "cooler-0.8.6.post0",
"genome-assembly": "hg38",
"nbins": 303114,
"nchroms": 23,
"nnz": 62252354,
"storage-mode": "symmetric-upper",
"sum": 107292104
}
```

It seems that higlass-python has been neglected for some time, and there is a lot of confusion regarding file versions. This includes issues such as compatibility with the most suitable version of Jupyter, the fact that the latest version no longer uses nbextension, and so on. It appears that your documentation is outdated.

Despite these issues, I would like to express gratitude for your dedications, which have made higlass a great tool.

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với Tutorial Page tại docs.higlass.io/tutorial.html và xác minh bản tải xuống mẫu được liên kết bằng cooler info. Xem lại hướng dẫn tích hợp higlass-python và Jupyter được đề cập trong issue, sau đó cập nhật tài liệu để định dạng mẫu và các yêu cầu tương thích liên quan được chính xác và có thể kiểm thử.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
jupyter-notebook, python
Lĩnh vực
documentation
Loại issue
Tài liệu
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.