Can't find a number of methods for PhysicsServer3D, MessageQueue and SceneTree

I've been trying to replicate something like [this proof of concept](https://github.com/godotengine/godot/pull/49976) to add a `Physics.simulate()` for myself as an extension to use in a project and I am having issues finding the corresponding methods/classes used:
- `PhysicsServer3D::step()` and `PhysicsServer3D::flush_queries()`
- `MessageQueue` and `MessageQueue::get_singleton()` and `MessageQueue::flush()`
- `SceneTree::get_singleton()` and `SceneTree::flush_transform_notifications()`

Do these exist? Should they exist? Is there any way I can help add them? Maybe I am missing something very simple, or they are not intended to be implemented, but I cannot currently find any documentation or clear steps on how to add new methods to the API, nor a clear description of what kinds of methods should be supported.

Please let me know if I am out of bounds in my line of questioning, but the ability to do something along the lines of a `Physics.simulate()` is fairly core to some of the features our team will be working on in the near future, so I will be continuing to look into alternatives either way.

Bắt đầu bằng việc đọc pull request proof-of-concept được liên kết và tìm kiếm PhysicsServer3D, MessageQueue cùng SceneTree trong các binding godot-cpp. Xác định xem các phương thức được liệt kê có tồn tại trong API được hỗ trợ hay không và hướng dẫn của dự án nói gì về việc cung cấp chúng; được coi là hoàn tất khi có một quyết định được ghi lại và có thể thực hiện về việc có nên thêm các phương thức này hay không và nếu có thì thêm như thế nào.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.