Directories listed in allowed_directories in ~/.copilot/permissions-config.json do not suppress the "path outside your allowed directory list" prompt for shell commands.

Describe the bug

Directories listed in allowed_directories in ~/.copilot/permissions-config.json do not suppress the "path outside your allowed directory list" prompt for shell commands. /add-dir with the identical path fixes it for the session.

Startup log says it loaded:
[INFO] permissions::api_orchestrator] Applied persisted allowed directories {"count":2,"location_key":"..."} 
Probable cause: in app.js, addAdditionalDirectory() is only called inside the paths.add handler. hydrate_location_permission_directories applies persisted dirs to the native permission service but never performs that sync, so the path gate used for shell commands doesn't see them.
Secondary: the prompt's "Yes, and add these directories to the allowed list" option maps to {kind:"approve-for-session"} — the wording implies persistence it doesn't have.

Affected version

GitHub Copilot CLI 1.0.79.

Steps to reproduce the behavior

Repro: add an absolute dir to allowed_directories under a location key; start a session whose git root is that key; run a shell command reading a file under that dir → prompt appears. Run /add-dir  → no more prompts.

Expected behavior

No response

Additional context

No response

Bắt đầu trong app.js, so sánh addAdditionalDirectory() trong handler của paths.add với hydrate_location_permission_directories và đường dẫn khởi động của các thư mục đã được lưu. Tái hiện với một mục allowed_directories tuyệt đối, sau đó chạy một lệnh shell đọc một tệp bên trong mục đó. Được xem là hoàn tất khi các thư mục đã được lưu ngăn prompt đường dẫn như /add-dir, và cách diễn đạt của prompt phản ánh chính xác việc phê duyệt chỉ có hiệu lực trong phiên.