The output location should both be a directory and not be directory

```console
> mkdir out
> codeql query run -d java-database -o out overrides.ql
A fatal error occurred: [redacted]/out is a directory.
> rmdir out
> codeql query run -d java-database -o out overrides.ql
A fatal error occurred: The output location [redacted]/out is not a directory, so only a single query can be executed.
```

`overrides.ql` is taken from https://help.semmle.com/QL/learn-ql/java/annotations.html

```codeql
import java

from Method overriding, Method overridden
where overriding.overrides(overridden) and
not overriding.getAnAnnotation() instanceof OverrideAnnotation
select overriding, "Method overrides another method, but does not have an @Override annotation."
```

```console
> codeql version
CodeQL command-line toolchain.
Version: 2.2.3.
Copyright (C) 2019-2020 GitHub, Inc.
Unpacked in: /nix/store/s5zfg5vzrfrfc3mqyh3g0r4r6mpqc2g1-codeql-2.2.3/codeql
Analysis results depend critically on separately distributed query and
extractor modules. To list modules that are visible to the toolchain,
use 'codeql resolve qlpacks' and 'codeql resolve languages'.
> uname -a
Linux nixos 5.9.1 #1-NixOS SMP Sat Oct 17 06:31:22 UTC 2020 x86_64 GNU/Linux
> nixos-version
20.09.1500.edb26126d98 (Nightingale)
```

Tái hiện hai lệnh `codeql query run` bằng `-o out`, trong đó `out` trước tiên là một thư mục rồi sau đó không tồn tại, và so sánh các lỗi khác nhau. Theo dõi cách CLI xử lý vị trí đầu ra và xác định hành vi dự kiến cho một query đơn lẻ so với nhiều query. Hoàn tất khi hành vi của vị trí đầu ra nhất quán và được kiểm thử cho cả hai trường hợp.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.