Support for choosing allowed MCP tools

### Feature summary

Finer grained controls over allowing or disallowing MCP tools

### What problem are you trying to solve?

A have a few MCP servers installed but I don't use all of the tools from them. and in some cases I explicitly want to ban these tools. They was a bunch of tokens for me (latest was 90k tokens 🫠)

### Proposed solution

I would like to be able to configure which tools from an MCP are available globally so that I can cut back on the list that is always sent to the agent

### Workflow impact

_No response_

### Installation context

_No response_

### Additional context

_No response_

この issue にはファイル、テスト、エントリーポイントが記載されていません。まず MCP の設定とツール登録のパスを見つけ、次にエージェントで利用可能なツールの一覧がどのように組み立てられているかを追跡してください。ユーザーが個々のツールをグローバルに許可または拒否でき、除外されたツールがエージェントのツール一覧に表示されなくなれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。