Picard FixMateInformation does not launch individual jobs when multiple datasets are selected

**Tool version**: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/picard/00fe2ff64467

**Problem**: Tool attempts to execute using all selected inputs in one job, then fails. If run on one dataset at a time (same datasets that fail with multi-select), the jobs are successful.

**Error example**:

> Dataset generation errors
> Dataset 71: FixMateInformation on data 31 and data 27: BAM with fixed mates
> Tool execution generated the following error message:
> Fatal error: Exit code 1 ()
> Picked up _JAVA_OPTIONS: -Djava.io.tmpdir=/galaxy-repl/main/scratch -Xmx7680m -Xms256m
> Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Cannot read non-existent file: /galaxy-repl/main/files/XXX/XXX/dataset_XXX.dat,/galaxy-repl/main/files/XXX/XX/dataset_XXX.dat
> at htsjdk.samtools.util.IOUtil.assertFileIsReadable(IOUtil.java:308)
> at picard.sam.FixMateInformation.doWork(FixMateInformation.java:107)
> at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:206)
> at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:95)
> at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:105)

cc @galaxyproject/guac

Comienza con la definición de la herramienta en la URL de ToolShed y compara su gestión de entradas con múltiples datasets con la ejecución de un solo dataset. Reproduce el fallo usando varios datasets BAM seleccionados e inspecciona el comando generado asociado al punto de entrada FixMateInformation de Picard. Se considera terminado cuando cada dataset seleccionado inicia un job individual con éxito.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.