Picard FixMateInformation does not launch individual jobs when multiple datasets are selected

**Tool version**: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/picard/00fe2ff64467

**Problem**: Tool attempts to execute using all selected inputs in one job, then fails. If run on one dataset at a time (same datasets that fail with multi-select), the jobs are successful.

**Error example**:

> Dataset generation errors
> Dataset 71: FixMateInformation on data 31 and data 27: BAM with fixed mates
> Tool execution generated the following error message:
> Fatal error: Exit code 1 ()
> Picked up _JAVA_OPTIONS: -Djava.io.tmpdir=/galaxy-repl/main/scratch -Xmx7680m -Xms256m
> Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Cannot read non-existent file: /galaxy-repl/main/files/XXX/XXX/dataset_XXX.dat,/galaxy-repl/main/files/XXX/XX/dataset_XXX.dat
> at htsjdk.samtools.util.IOUtil.assertFileIsReadable(IOUtil.java:308)
> at picard.sam.FixMateInformation.doWork(FixMateInformation.java:107)
> at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:206)
> at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:95)
> at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:105)

cc @galaxyproject/guac

Beginne mit der Tool-Definition unter der ToolShed-URL und vergleiche deren Verarbeitung von Eingaben mit mehreren Datensätzen mit der Ausführung für einen einzelnen Datensatz. Reproduziere den Fehler mit mehreren ausgewählten BAM-Datensätzen und untersuche den generierten Befehl, der mit dem Einstiegspunkt FixMateInformation von Picard verknüpft ist. Als erledigt gilt die Aufgabe, wenn jeder ausgewählte Datensatz als einzelner erfolgreicher Job gestartet wird.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.